Es wurden keine allgemeinen Regeln vorgeschlagen, um die funktionellen Folgen genregulatorischer Mutationen zu berücksichtigen. In einem ersten Versuch, die Art solcher Regeln festzustellen, wurde eine Analyse des DNA-Sequenzkontexts von 153 verschiedenen Einzelbasenpaarsubstitutionen in den regulatorischen Regionen von 65 verschiedenen menschlichen Genen durchgeführt, die einer Erbkrankheit zugrunde liegen. Die Verwendung eines kürzlich vorgeschlagenen Maßes für die DNA-Sequenzkomplexität (unter Berücksichtigung des Ausmaßes der strukturellen Repetitivität einer DNA-Sequenz und nicht nur der Oligonukleotidzusammensetzung) hat gezeigt, dass die gleichzeitige Änderung der lokalen DNA-Sequenzkomplexität, die ein substituiertes Nukleotid umgibt, mit der Wahrscheinlichkeit einer regulatorischen Mutation zusammenhängt, die klinische Aufmerksamkeit erregt. Mutationen, die zu einer Zunahme der Komplexität führten, zeigten höhere Odds Ratios zugunsten pathologischer Konsequenzen als Mutationen, die zu einer Abnahme führten oder die Komplexität unverändert ließen. Diese Beziehung war jedoch nur für Pyrimidin-zu-Purin-Transversionen erkennbar. Es wurde nicht festgestellt, dass Odds Ratios für andere Substitutionstypen signifikant mit lokalen Änderungen der Sequenzkomplexität assoziiert sind, obwohl ein ähnlicher Trend wie bei Y–>R-Transversionen auch bei Übergängen zu beobachten war. Diese Ergebnisse legen nahe, dass die Aufrechterhaltung eines definierten Niveaus der DNA-Sequenzkomplexität oder zumindest die Vermeidung einer Erhöhung der Sequenzkomplexität eine kritische Voraussetzung für die Funktion von genregulatorischen Regionen ist.