No se han propuesto reglas generales para explicar las consecuencias funcionales de las mutaciones reguladoras de genes. En un primer intento de establecer la naturaleza de tales reglas, se realizó un análisis del contexto de la secuencia de ADN de 153 sustituciones de pares de bases individuales diferentes en las regiones reguladoras de 65 genes humanos diferentes subyacentes a la enfermedad hereditaria. El uso de una medida recientemente propuesta de complejidad de la secuencia de ADN (teniendo en cuenta el nivel de repetitividad estructural de una secuencia de ADN, en lugar de simplemente la composición de oligonucleótidos) ha servido para demostrar que el cambio concomitante en la complejidad de la secuencia de ADN local que rodea a un nucleótido sustituido está relacionado con la probabilidad de que una mutación reguladora llegue a la atención clínica. Las mutaciones que llevaron a un aumento de la complejidad exhibieron razones de probabilidades más altas a favor de las consecuencias patológicas que las mutaciones que llevaron a una disminución o dejaron la complejidad sin cambios. Esta relación, sin embargo, fue discernible solo para las transversiones de pirimidina a purina. No se encontró que las Odds ratio para otros tipos de sustitución estuvieran significativamente asociadas con cambios locales en la complejidad de la secuencia, a pesar de que una tendencia similar a la observada para las transversiones Y>R también fue evidente para las transiciones. Estos hallazgos sugieren que el mantenimiento de un nivel definido de complejidad de la secuencia de ADN, o al menos evitar un aumento en la complejidad de la secuencia, es un prerrequisito crítico para la función de las regiones reguladoras de los genes.