Der er ikke foreslået generelle regler for at redegøre for de funktionelle konsekvenser af genregulerende mutationer. I et første forsøg på at fastslå arten af sådanne regler blev der udført en analyse af DNA-sekvenskonteksten af 153 forskellige enkeltbasepar-substitutioner i de regulerende regioner af 65 forskellige humane gener, der ligger til grund for arvelig sygdom. Anvendelse af et nyligt foreslået mål for DNA-sekvenskompleksitet (under hensyntagen til niveauet for strukturel gentagelse af en DNA-sekvens snarere end blot oligonukleotidsammensætningen) har tjent til at demonstrere, at den samtidige ændring i lokal DNA-sekvenskompleksitet omkring et substitueret nukleotid er relateret til sandsynligheden for, at en regulatorisk mutation kommer til klinisk opmærksomhed. Mutationer, der førte til en stigning i kompleksitet, udviste højere oddsforhold til fordel for patologiske konsekvenser end mutationer, der førte til et fald eller venstre kompleksitet uændret. Dette forhold var imidlertid kun synligt for pyrimidin-til-purin-transversioner. Oddsforhold for andre typer substitution viste sig ikke at være signifikant forbundet med lokale ændringer i sekvenskompleksitet, selvom en tendens svarende til den, der blev observeret for Y–>R-transversioner også var tydelig for overgange. Disse fund antyder, at opretholdelsen af et defineret niveau af DNA-sekvenskompleksitet eller i det mindste undgåelse af en stigning i sekvenskompleksitet er en kritisk forudsætning for funktionen af genregulerende regioner.