S’est d’abord installé à la période préhistorique sur le site maintenant connu sous le nom de Magoula Balomenou (Μαγούλα Μπαλωμένου), son ancien nom était Arne, et il était à l’origine sur la rive du lac Copais (drainé plus tard). Chaeronea était soumise à Orchomène qui était, à partir de 600 av.J.-C., membre de la Ligue béotienne. À la fin du 5ème siècle avant JC, Chaironeia appartenait à l’un des 11 districts béotiens avec Acraephnium et Copia.
Chaeronea a été le lieu de plusieurs batailles historiques. Le plus connu est celui de 338 av.J.-C., entre Philippe II de Macédoine et une coalition de divers États grecs, principalement Thèbes et Athènes. Au cours de la bataille, l’unité d’élite des soldats thébains connue sous le nom de Bande sacrée de Thèbes a été complètement anéantie (voir Bataille de Chaeronea). En 1818, le soi-disant Lion de Chaeronea, un lion de près de 20 pieds de haut (6.1 m) monument funéraire érigé en l’honneur de la Bande sacrée, a été redécouvert par des voyageurs anglais. Le monument fragmentaire a été remonté et installé en 1902 par une organisation appelée Ordre de Chaeronea au sommet d’un piédestal sur le site de sa découverte. L’ancien biographe et essayiste Plutarque est né à Chaeronea et fait plusieurs fois référence à ces faits et à d’autres faits sur son lieu natal dans ses écrits.
Autres batailles autour de Chaeronea:
- Après avoir capturé Chaeronea en 447 av.J.-C., les Athéniens furent attaqués et vaincus la même année par les Béotiens à la bataille de Coronea.
- En 146 av.J.-C., le général romain Matellus vainquit une unité de 1 000 Arkadiens.
- En 86 av. J.-C., Archélaos et Taxilos, généraux de Mithridate VI de Pontus, débarquent en Béotie. Ils furent accueillis par le général romain Lucius Cornelius Sulla près de Chaeronea et dans la bataille qui s’ensuivit, les Mithridates furent vaincus et se retirèrent à Chalcis.
- Bataille entre Catalans et Francs le 15 mars 1311. La Compagnie catalane vainquit les Francs et prit le contrôle d’une grande partie de la Grèce. Les Turcs ont participé aux côtés des Catalans. La bataille est décrite par Ramon Muntaner, un soldat catalan.
- Bataille entre Grecs et Turcs en 1823 et 1825 pendant la Révolution grecque (1821-1828).
Le site de la fosse commune thébaine a été fouillé en 1879-80 par P. Stamatakis, et le site préhistorique de Magoula Balamenou 23 ans plus tard par l’archéologue G. Soteriadis.
