Zuerst in der prähistorischen Zeit an der Stelle angesiedelt, die heute als Magoula Balomenou (Μαγούλα Μπαλωμένου) bekannt ist. Chaeronea unterstand Orchomenus, der ab 600 v. Chr. Mitglied des Böotischen Bundes war. Im späten 5. Jahrhundert v. Chr. gehörte Chaironeia zusammen mit Acraephnium und Copia zu einem der 11 böotischen Bezirke.
Chaeronea war Schauplatz mehrerer historischer Schlachten. Am bekanntesten ist das von 338 v. Chr., zwischen Philipp II. von Mazedonien und einer Koalition verschiedener griechischer Staaten, hauptsächlich Theben und Athen. Während der Schlacht wurde die Eliteeinheit der thebanischen Soldaten, die als Heilige Bande von Theben bekannt ist, vollständig ausgelöscht (siehe Schlacht von Chaeronea). Im Jahr 1818 wurde der sogenannte Löwe von Chaeronea, ein fast 20 Fuß hoher (6.1 m) Grabdenkmal zu Ehren der heiligen Band errichtet, wurde von englischen Reisenden wiederentdeckt. Das fragmentarische Denkmal wurde 1902 von einer Organisation namens The Order of Chaeronea auf einem Sockel am Ort seiner Entdeckung wieder zusammengesetzt und installiert. Der antike Biograph und Essayist Plutarch wurde in Chaeronea geboren und bezieht sich in seinen Schriften mehrmals auf diese und andere Fakten über seinen Heimatort.
Andere Schlachten um Chaeronea:
- Nach der Eroberung von Chaeronea im Jahr 447 v. Chr. wurden die Athener im selben Jahr von den Böoten in der Schlacht von Coronea angegriffen und besiegt.
- 146 v. Chr. besiegte der römische General Matellus eine Einheit von 1.000 Arkadiern.
- 86 v. Chr.landeten Archelaos und Taxilos, Generäle von Mithridates VI. von Pontus, in Böotien. Sie wurden vom römischen General Lucius Cornelius Sulla in der Nähe von Chaeronea getroffen und in der folgenden Schlacht wurden die Mithridatiker besiegt und zogen sich nach Chalcis zurück. Schlacht zwischen Katalanen und Franken am 15.März 1311. Die katalanische Kompanie besiegte die Franken und übernahm die Kontrolle über einen großen Teil Griechenlands. Türken nahmen an der Seite der Katalanen teil. Die Schlacht wird von Ramon Muntaner, einem katalanischen Soldaten, beschrieben.Schlacht zwischen Griechen und Türken in den Jahren 1823 und 1825 während der griechischen Revolution (1821-1828).
Das thebanische Massengrab wurde 1879-80 von P. Stamatakis, und die prähistorische Stätte von Magoula Balamenou 23 Jahre später vom Archäologen G. Soteriadis.
