po raz pierwszy osiedliło się w okresie prehistorycznym w miejscu znanym obecnie jako Magoula Balomenou (μαγούλα μπαλωμένου), jego starsza nazwa brzmiała Arne i pierwotnie znajdowała się na brzegu jeziora copais (później osuszonego). Chaeronea podlegała Orchomenusowi, który od 600 roku p. n. e. był członkiem Ligi Boeotian. Pod koniec V wieku p. n. e.Chaironeia należała do jednego z 11 okręgów Boeotian wraz z Akraephnium i Copia.
Chaeronea była miejscem kilku historycznych bitew. Najbardziej znany jest rok 338 p. n. e., pomiędzy Filipem II macedońskim a koalicją różnych państw greckich, głównie Teb i Aten. Podczas bitwy elitarna jednostka żołnierzy tebańskich znana jako święta Banda Teb została całkowicie zniszczona (Zobacz Bitwa pod Chaeronea). W 1818 tak zwany Lew Chaeronea, prawie 20-metrowy (6.1 m) pomnik grobowy wzniesiony na cześć Świętej Kapeli, został odkryty na nowo przez angielskich podróżników. Fragmentaryczny pomnik został ponownie złożony i zainstalowany w 1902 roku przez organizację zwaną Orderem Chaeronea na cokole w miejscu jego odkrycia. Starożytny biograf i eseista Plutarch urodził się w Chaeronei i kilka razy odnosi się do tych i innych faktów o swoim rodzinnym miejscu w swoich pismach.
Inne bitwy wokół Chaeronea:
- po zdobyciu Chaeronei w 447 p. n. e.Ateńczycy zostali zaatakowani i pokonani w tym samym roku przez Boeingów w bitwie pod Coronea.
- w 146 p. n. e.rzymski generał Matellus pokonał oddział 1000 Arkadyjczyków.
- w 86 p. n. e.Archelaos i Taxilos, generałowie Mitrydatesa VI z Pontu, wylądowali w Boeotii. Spotkali się z rzymskim generałem Lucjuszem Korneliuszem Sullą w pobliżu Chaeronei, a w następnej bitwie Mitrydatycy zostali pokonani i wycofali się do Chalcis.
- bitwa między Katalończykami a Frankami 15 marca 1311 roku. Kompania katalońska pokonała Franków i przejęła kontrolę nad znaczną częścią Grecji. Turcy uczestniczyli po stronie Katalończyków. Bitwa została opisana przez Ramona Muntanera, katalońskiego żołnierza.
- bitwa pomiędzy Grekami a Turkami w latach 1823 i 1825 podczas rewolucji Greckiej (1821-1828).
miejsce masowej mogiły tebańskiej zostało wykopane w 1879-80 przez p. Stamatakis, a prehistoryczne stanowisko Magoula Balamenou 23 lata później przez archeologa G. Soteriadisa.
