voor het Eerst vestigden in de Prehistorische periode op de site nu bekend als Magoula Balomenou (Μαγούλα Μπαλωμένου), de oudere naam was Arne, en het was oorspronkelijk aan de oever van het Meer van Copais (later afgevoerd). Chaeronea was onderworpen aan Orchomenus, die vanaf 600 v.Chr. lid was van de Boeotiaanse Bond. In de late 5e eeuw v.Chr. behoorde Chaironeia tot een van de 11 boeotiaanse districten samen met Acraephnium en Copia.
Chaeronea was de locatie van verschillende historische veldslagen. Het meest bekend is die van 338 v.Chr., tussen Filips II van Macedonië en een coalitie van verschillende Griekse staten, voornamelijk Thebe en Athene. Tijdens de slag werd de elite-eenheid van Thebaanse soldaten, bekend als de heilige Band van Thebe, volledig uitgeroeid (zie Slag bij Chaeronea). In 1818, de zogenaamde Leeuw van Chaeronea, een bijna zes meter hoge (6.1 m) grafmonument opgericht ter ere van de heilige Band, werd herontdekt door Engelse reizigers. Het fragmentarische monument werd in 1902 opnieuw in elkaar gezet en geïnstalleerd door een organisatie genaamd de Orde van Chaeronea op een voetstuk op de plaats van zijn ontdekking. De oude biograaf en essayist Plutarchus werd geboren in Chaeronea, en meerdere malen verwijst naar deze en andere feiten over zijn geboorteplaats in zijn geschriften.
andere veldslagen rond Chaeronea:na de verovering van Chaeronea in 447 v.Chr. werden de Atheners in hetzelfde jaar aangevallen en verslagen door de Boeotiërs in de Slag bij Coronea.in 146 v.Chr. versloeg de Romeinse generaal Matellus een eenheid van 1.000 Arkadiërs.in 86 v. Chr. landden Archelaüs en Taxilos, generaals van Mithridates VI van Pontus, in Boeotië. Ze werden opgewacht door de Romeinse generaal Lucius Cornelius Sulla bij Chaeronea en in de daaropvolgende slag werden de Mithridaten verslagen en trokken zich terug naar Chalcis. slag tussen Catalanen en Franken op 15 maart 1311. De Catalaanse Compagnie versloeg de Franken en nam de controle over een groot deel van Griekenland. Turken namen deel aan de zijde van Catalanen. De slag wordt beschreven door Ramon Muntaner, een Catalaanse soldaat.slag tussen Grieken en Turken in 1823 en 1825 tijdens de Griekse revolutie (1821-1828).
de plaats van het Thebaanse massagraf werd in 1879-80 opgegraven door P. Stamatakis, en de Prehistorische site van Magoula Balamenou 23 jaar later door de archeoloog G. Soteriadis.
