il Primo insediamento in epoca Preistorica, nel luogo ora conosciuto come Magoula Balomenou (Μαγούλα Μπαλωμένου), il suo precedente nome era Arne, ed è stato originariamente sulla riva del Lago di Copais (successivamente bonificata). Chaeronea era soggetta a Orchomenus che era, a partire dal 600 AC, un membro della Lega boeotiana. Alla fine del v secolo AC, Chaironeia apparteneva a uno degli 11 distretti boeotiani insieme ad Acraephnium e Copia.
Chaeronea fu sede di diverse battaglie storiche. Più noto è quello del 338 AC, tra Filippo II di Macedonia e una coalizione di vari stati greci, principalmente Tebe e Atene. Durante la battaglia, l’unità d’élite dei soldati Tebani conosciuta come la Sacra Banda di Tebe fu spazzata via completamente (Vedi Battaglia di Chaeronea). Nel 1818, il cosiddetto Leone di Chaeronea, un quasi 20 piedi di altezza (6.1 m) monumento funerario eretto in onore della Sacra Banda, è stato riscoperto dai viaggiatori inglesi. Il monumento frammentario fu rimontato e installato nel 1902 da un’organizzazione chiamata Ordine di Chaeronea in cima a un piedistallo nel luogo della sua scoperta. L’antico biografo e saggista Plutarco nacque a Chaeronea e più volte si riferisce a questi e altri fatti sul suo luogo natale nei suoi scritti.
Altre battaglie intorno a Chaeronea:
- Dopo aver catturato Chaeronea nel 447 AC gli Ateniesi furono attaccati e sconfitti nello stesso anno dai Beoti nella battaglia di Coronea.
- Nel 146 a. C. il generale romano Matello sconfisse un’unità di 1.000 Arkadi.
- Nell ‘ 86 a.C., Archelao e Taxilos, generali di Mitridate VI del Ponto, sbarcarono in Beozia. Essi sono stati accolti dal generale romano Lucio Cornelio Silla nei pressi di Chaeronea e nella battaglia che segue i Mitridatici sono stati sconfitti e si ritirarono a Calcide.
- Battaglia tra Catalani e Franchi il 15 marzo 1311. La compagnia catalana sconfisse i Franchi e prese il controllo di gran parte della Grecia. I turchi hanno partecipato con la parte dei catalani. La battaglia è descritta da Ramon Muntaner, un soldato catalano.
- Battaglia tra greci e Turchi nel 1823 e nel 1825 durante la Rivoluzione greca (1821-1828).
Il sito della fossa comune tebana fu scavato nel 1879-80 di P. Stamatakis, e il sito preistorico di Magoula Balamenou 23 anni dopo dall’archeologo G. Soteriadis.