L’unité 731 a été spécialement créée par l’armée japonaise à Harbin, en Chine (qui faisait alors partie du Mandchoukouo occupé par le Japon) pour faire des recherches sur la guerre biologique et chimique en effectuant des expérimentations humaines sur des personnes de tous âges. Pendant la Seconde Guerre sino-japonaise et plus tard la Seconde Guerre mondiale, les Japonais avaient enfermé la peste bubonique, le choléra, la variole, le botulisme, l’anthrax et d’autres maladies dans des bombes, qu’ils larguaient régulièrement sur les combattants et les non-combattants chinois. Selon le Symposium international de 2002 sur les Crimes de la Guerre bactériologique, le nombre de personnes tuées par la guerre des germes de l’Armée impériale japonaise et les expériences humaines était d’environ 580 000.

Pendant les premiers mois de la guerre contre les États-Unis après l’attaque de Pearl Harbor, le Japon prévoyait d’utiliser des armes biologiques contre les Américains. Au cours de la campagne des Philippines en mars 1942, les Japonais envisagèrent de libérer 90 kg (200 lb) de puces porteuses de la peste (environ 150 millions d’insectes) lors de chacune des dix attaques distinctes, mais les Américains se rendirent à Bataan avant la mise en œuvre du plan. Vers novembre 1944, le Japon a lancé un total de 9 300 bombes incendiaires et antipersonnel portées par des ballons conçus pour atteindre 10 000 m (30 000 pieds), puis être balayées vers l’est par le courant-jet vers les États-Unis continentaux. Ils ont tué six civils américains près de Bly, Oregon; écrasé dans une ferme à Medford, Oregon; et a provoqué un court-circuit dans les lignes électriques alimentant en électricité les pompes de refroidissement des réacteurs nucléaires de l’installation de production du projet Manhattan sur le site de Hanford à Washington. Un système de secours a rétabli l’alimentation. Pendant la bataille d’Iwo Jima, une autre attaque biologique a été envisagée contre les envahisseurs américains. Le pilote Shoichi Matsumoto a raconté plus tard comment deux planeurs transportant des agents pathogènes devaient être remorqués au-dessus de la bataille et relâchés, mais les planeurs qui devaient décoller du Japon continental vers l’aérodrome de Matsumoto dans le district de Pingfang en préparation de l’attaque n’ont jamais atteint leur destination.