Einheit 731 wurde vom japanischen Militär in Harbin, China (damals Teil des von Japan besetzten Mandschukuo), speziell für die Erforschung biologischer und chemischer Kriegsführung durch menschliche Experimente an Menschen jeden Alters entwickelt. Während des Zweiten chinesisch-Japanischen Krieges und später des Zweiten Weltkriegs hatten die Japaner Beulenpest, Cholera, Pocken, Botulismus, Milzbrand und andere Krankheiten in Bomben eingeschlossen, die sie routinemäßig auf chinesische Kombattanten und Nichtkombattanten abwarfen. Laut dem Internationalen Symposium über die Verbrechen der bakteriologischen Kriegsführung von 2002 betrug die Zahl der Menschen, die von der kaiserlichen japanischen Armee durch Keimkrieg und menschliche Experimente getötet wurden, rund 580.000.In den ersten Monaten des Krieges gegen die Vereinigten Staaten nach dem Angriff auf Pearl Harbor plante Japan, biologische Waffen gegen Amerikaner einzusetzen. Während der Philippinenkampagne im März 1942 überlegten die Japaner, bei jedem von zehn separaten Angriffen 90 kg (200 Pfund) pesttragende Flöhe (etwa 150 Millionen Insekten) freizusetzen, aber die Amerikaner ergaben sich in Bataan, bevor der Plan umgesetzt wurde. Um November 1944 startete Japan insgesamt 9.300 Brand- und Antipersonenbomben, die von Ballons getragen wurden, die auf 10.000 m (30.000 ft) steigen sollten, und dann vom Jetstream nach Osten in die kontinentalen Vereinigten Staaten gefegt wurden. Sie töteten sechs amerikanische Zivilisten in der Nähe von Bly, Oregon; stürzte in eine Farm in Medford, Oregon; und verursachte einen Kurzschluss in den Stromleitungen, die Strom für die Kernreaktorkühlpumpen in der Produktionsanlage des Manhattan-Projekts am Standort Hanford in Washington lieferten. Ein Backup-System stellte die Stromversorgung wieder her. Während der Schlacht von Iwo Jima wurde ein weiterer biologischer Angriff gegen die eindringenden Amerikaner in Betracht gezogen. Pilot Shoichi Matsumoto erzählte später, wie zwei Segelflugzeuge mit Krankheitserregern über die Schlacht geschleppt und freigelassen werden sollten, aber die Segelflugzeuge, die zur Vorbereitung auf den Angriff vom japanischen Festland zum Flugplatz Matsumoto im Bezirk Pingfang abheben sollten, erreichten nie ihr Ziel.