Først slog sig ned i den Forhistoriske periode på stedet, der nu er kendt som Magoula Balomenou (Μαγούλα Μπαλωμένου), sin ældre navn var Arne, og det var oprindeligt på bredden af Søen Copais (senere drænet). Chaeronea var underlagt Orchomenus, som begyndte i 600 F.kr., medlem af Boeotian League. I slutningen af det 5.århundrede f. kr. tilhørte Chaironeia et af de 11 Boeotiske distrikter sammen med Acraephnium og Copia.
Chaeronea var stedet for flere historiske kampe. Bedst kendt er den fra 338 f.kr. mellem Philip II fra Macedon og en koalition af forskellige græske stater, hovedsageligt Theben og Athen. Under slaget blev elitenheden af Theban-soldater kendt som Sacred Band of Theben udslettet fuldstændigt (se Slaget ved Chaeronea). I 1818 blev den såkaldte Løve af Chaeronea, en næsten 20 fod høj (6.1 m) begravelsesmonument opført til ære for Det Hellige Band, blev genopdaget af engelske rejsende. Det fragmentariske monument blev samlet igen og installeret i 1902 af en organisation kaldet Chaeroneas orden oven på en piedestal på stedet for dens opdagelse. Den gamle biograf og essayist Plutarch blev født i Chaeronea og henviser flere gange til disse og andre fakta om hans oprindelige sted i hans skrifter.
andre kampe omkring Chaeronea:efter at have erobret Chaeronea i 447 f.kr. blev Athenerne angrebet og besejret samme år af Boeotianerne i Slaget ved Coronea.i 146 f.kr. besejrede den romerske general Matellus en enhed på 1.000 Arkadiere.i 86 F. kr. landede Archelaos og Taksilos, generaler af Mithridates VI af Pontus, i Boeotia. De blev mødt af den romerske general Lucius Cornelius Sulla nær Chaeronea og i den efterfølgende kamp Mithridatics blev besejret og trak sig tilbage til Chalcis. slaget mellem catalanerne og frankerne den 15. Marts 1311. Det catalanske selskab besejrede frankerne og overtog kontrollen med en stor del af Grækenland. Tyrkerne deltog med siden af catalanerne. Slaget er beskrevet af Ramon Muntaner, en catalansk soldat.slaget mellem grækere og tyrkere i 1823 og 1825 under den græske Revolution (1821-1828).
stedet for Theban-massegraven blev udgravet i 1879-80 af P. Stamatakis, og det Forhistoriske Sted Magoula Balamenou 23 år senere af arkæologen G. Soteriadis.
