under inbördeskriget deltog Waties trupper i tjugosju stora engagemang och många mindre skärmytslingar. Även om några av engagemangen var fasta strider, använde de flesta av deras aktiviteter gerillataktik. Waties män lanserade Raider från söder om Canadian River i hela norra indiska territoriet och in i Kansas och Missouri, binda ner tusentals fackliga trupper. Dåligt utrustade och beväpnade mestadels med castoff gevär eller fångade vapen, Cherokees var väl lämpade för denna typ av krigföring. Watie befordrades till brigadgeneral i maj 1864.

Waties mest spektakulära segrar inkluderade fångsten av en Federal ångbåt, Jr Williams, i juni 1864 och fångsten av ett Union wagon-tåg vid andra slaget vid Cabin Creek i September 1864. Hans tre mest ökända handlingar var bränningen av Rose Cottage, hem för Chief John Ross, och Cherokee Council House i oktober 1863 och massakern på det första Kansas färgade infanteriet och 2: a regementet Kansas Volunteer Cavalry vid Hay Camp Action (aka Slaget vid Flat Rock) i September 1864.

i februari 1865 fick Watie befäl över den indiska uppdelningen av indiskt territorium men kunde inte starta några offensiva operationer. Han släppte de flesta av sina trupper efter kollapsen av Konfedererat motstånd våren 1865. Efter att ha deltagit i Camp Napoleon Council i Maj övergav Stand Watie officiellt den 23 juni 1865 och blev den sista konfedererade generalen som lade ner sina armar. Regementet upplöstes.

Slaget vid Pea RidgeEdit

denna strid var den 6-8 mars 1862 i Benton County, Arkansas, med en Unionsseger.

Slaget vid Old Fort WayneEdit

denna strid var den 22 oktober 1862 i Fort Wayne, indiskt territorium, med en Unionsseger.

Slaget vid Cabin CreekEdit

denna strid var den 1-2 juli 1863 i Mayes County, Oklahoma, med en Unionsseger.