sisällissodan aikana Watien joukot osallistuivat kaksikymmentäseitsemän suursotaan ja lukuisiin pienempiin kahakoihin. Vaikka osa taisteluista oli lavastettuja taisteluita, suurin osa niiden toiminnasta hyödynsi sissitaktiikkaa. Watien miehet aloittivat ryöstöretket Kanadajoen eteläpuolelta läpi pohjoisten intiaaniterritorioiden ja Kansasiin ja Missouriin, mikä sitoi tuhansittain unionin joukkoja. Cherokeet soveltuivat hyvin tämäntyyppiseen sodankäyntiin huonosti varustettuina ja aseistettuina lähinnä heittokivääreillä tai kaapatuilla aseilla. Watie ylennettiin prikaatinkenraaliksi toukokuussa 1864.

Watien näyttävimpiin voittoihin kuuluivat liittovaltion höyrylaivan J. R. Williamsin valtaus kesäkuussa 1864 ja unionin vaunujunan valtaus Cabin Creekin toisessa taistelussa syyskuussa 1864. Hänen kolme pahamaineisinta tekoaan olivat Rose Cottagen, päällikkö John Rossin kodin ja Cherokee Councilin talon polttaminen lokakuussa 1863 sekä ensimmäisen Kansasin värillisen jalkaväen ja 2.rykmentin Kansasin vapaaehtoisen ratsuväen joukkomurha Hay Camp Actionissa (Flat Rockin taistelu) syyskuussa 1864.

helmikuussa 1865 Watie sai komentoonsa intiaanien territorio-osaston, mutta ei kyennyt käynnistämään mitään hyökkäysoperaatioita. Hän vapautti suurimman osan joukoistaan Konfederaation vastarinnan romahdettua keväällä 1865. Osallistuttuaan Napoleonin leirin valtuustoon toukokuussa Stand Watie antautui virallisesti 23. kesäkuuta 1865, ja hänestä tuli viimeinen Konfederaation kenraali, joka laski aseensa. Rykmentti lakkautettiin.

pea Ridgeeditin taistelu

Tämä taistelu käytiin 6.-8. maaliskuuta 1862 Bentonin piirikunnassa Arkansasissa unionin voitolla.

Old Fort Wayneeditin taistelu

tämä taistelu käytiin 22.lokakuuta 1862 Fort Waynessa, Intiaaniterritoriossa unionin voitolla.

Cabin Creekedin taistelu

Tämä taistelu käytiin 1.-2. heinäkuuta 1863 Mayesin piirikunnassa Oklahomassa unionin voitolla.