în timpul Războiului Civil, trupele lui Watie au participat la douăzeci și șapte de angajamente majore și numeroase lupte mai mici. Deși unele dintre angajamente au fost bătălii stabilite, majoritatea activităților lor au folosit tactici de gherilă. Oamenii lui Watie au lansat raiduri din sudul râului Canadian pe tot teritoriul Indian deținut de Nord și în Kansas și Missouri, legând mii de trupe ale Uniunii. Slab echipate și înarmate în cea mai mare parte cu puști castoff sau arme capturate, Cherokeii erau foarte potriviți pentru acest tip de război. Watie a fost promovat general de brigadă în mai 1864.cele mai spectaculoase victorii ale lui Watie au inclus capturarea unei bărci cu aburi Federale, J. R. Williams, în iunie 1864 și capturarea unui tren de vagoane al Uniunii la A doua bătălie de la Cabin Creek în septembrie 1864. Cele mai infame trei acțiuni ale sale au fost arderea Rose Cottage, casa șefului John Ross, si casa Consiliului Cherokee în octombrie 1863 și masacrul primei Infanterii colorate din Kansas și Regimentul 2 Cavalerie voluntară din Kansas la acțiunea Taberei de fân (alias Bătălia de la Flat Rock) în septembrie 1864.în februarie 1865, Watie a primit comanda Diviziei indiene a Teritoriului Indian, dar nu a putut lansa nicio operațiune ofensivă. El și-a eliberat majoritatea trupelor după prăbușirea rezistenței Confederate în primăvara anului 1865. După ce a participat la Consiliul Napoleon al taberei în mai, Stand Watie s-a predat oficial la 23 iunie 1865, devenind ultimul General confederat care a depus armele. Regimentul a fost dizolvat.

Bătălia de la Pea RidgeEdit

această bătălie a avut loc în 6-8 martie 1862 în comitatul Benton, Arkansas, cu o victorie a Uniunii.

Bătălia de la Old Fort WayneEdit

această bătălie a fost la 22 octombrie 1862, în Fort Wayne, teritoriul Indian, cu o victorie a Uniunii.

Bătălia de la Cabin CreekEdit

această bătălie a fost în perioada 1-2 iulie 1863 în județul Mayes, Oklahoma, cu o victorie a Uniunii.