durante a Guerra Civil, as tropas de Watie participaram de vinte e sete grandes combates e numerosas escaramuças menores. Apesar de alguns dos compromissos serem batalhas em conjunto, a maioria de suas atividades utilizavam táticas de guerrilha. Os homens de Watie lançaram ataques a partir do Sul do Rio Canadense em todo o território do Norte da Índia e em Kansas e Missouri, atando milhares de tropas da União. Mal equipados e armados, principalmente com rifles castofl ou armas capturadas, os Cherokees eram bem adaptados para este tipo de guerra. Watie foi promovido a brigadeiro-general em maio de 1864.as vitórias mais espetaculares de Watie incluíram a captura de um barco a vapor Federal, O J. R. Williams, em junho de 1864, e a captura de um trem de vagão da União na Segunda Batalha de Cabin Creek, em setembro de 1864. Seus três mais infame ações foram a queima de Rose Cottage, casa do Chefe John Ross, e o Cherokee Conselho House, em outubro de 1863, e o assassinato do Primeiro Kansas Coloridas de Infantaria e 2º Regimento de Kansas Cavalaria Voluntário no Hay Acampamento de Ação (uma.k.um. a Batalha de Flat Rock), em setembro de 1864.em fevereiro de 1865, Watie recebeu o comando da Divisão indiana do território indiano, mas foi incapaz de lançar quaisquer operações ofensivas. Ele liberou a maioria de suas tropas após o colapso da resistência confederada na primavera de 1865. Depois de participar do Conselho de Napoleão em Maio, Watie rendeu-se oficialmente em 23 de junho de 1865, tornando-se o último general confederado a depor as armas. O regimento foi dissolvido.

Batalha de Pea RidgeEdit

esta batalha foi em 6-8 de Março de 1862 no Condado de Benton, Arkansas, com uma vitória da União.

Batalha do velho forte WayneEdit

esta batalha foi em 22 de outubro de 1862, em Fort Wayne, território indiano, com uma vitória da União.esta batalha ocorreu em 1-2 de julho de 1863 no Condado de Mayes, Oklahoma, com uma vitória da União.