tijdens de Burgeroorlog namen Watie ‘ s troepen deel aan 27 grote gevechten en talrijke kleinere schermutselingen. Hoewel sommige van de gevechten set-piece gevechten waren, de meeste van hun activiteiten gebruikt guerrilla tactieken. Watie ‘ s mannen lanceerden aanvallen vanuit het zuiden van de Canadian River in Noord-Indian Territory en in Kansas en Missouri. Slecht uitgerust en bewapend meestal met castoff geweren of gevangen wapens, de Cherokees waren goed geschikt voor dit type van oorlogvoering. Watie werd gepromoveerd tot brigadegeneraal in mei 1864.Watie ‘ s meest spectaculaire overwinningen waren de verovering van een federale stoomboot, de J. R. Williams, in juni 1864, en de verovering van een Union wagon train bij de Tweede Slag bij Cabin Creek in September 1864. Zijn drie meest beruchte acties waren de verbranding van Rose Cottage, het huis van Chief John Ross, en de Cherokee Council House in oktober 1863, en de slachting van de eerste Kansas Colored Infantry en 2nd Regiment Kansas Volunteer Cavalry in de Hay Camp Action (ook bekend als de Slag bij Flat Rock) in September 1864.in februari 1865 kreeg Watie het bevel over de Indische divisie van Indiaas grondgebied, maar was niet in staat om offensieve operaties uit te voeren. Hij liet de meeste van zijn troepen vrij na de ineenstorting van het zuidelijke verzet in de lente van 1865. Na zijn deelname aan de Napoleontische Raad in mei, gaf Stand Watie zich officieel over op 23 juni 1865 en werd de laatste Zuidelijke generaal die zijn wapens neerlegde. Het regiment werd ontbonden.Slag bij Pea RidgeEdit deze slag vond plaats op 6-8 maart 1862 in Benton County, Arkansas, met een noordelijke overwinning.Slag bij Old Fort WayneEdit deze slag vond plaats op 22 oktober 1862 in Fort Wayne, Indiaas gebied, met een noordelijke overwinning.Slag bij Cabin CreekEdit deze slag vond plaats op 1 juli 1863 in Mayes County, Oklahoma, met een noordelijke overwinning.