Under Borgerkrigen deltok waties tropper i tjuefem store engasjementer og mange mindre skirmishes. Selv om noen av de trefninger var dødballer kamper, de fleste av deres aktiviteter benyttet geriljataktikk. Waties menn satte i gang raid fra sør for Canadaelven gjennom det nordlige Indianerterritoriet og Inn I Kansas og Missouri, og bandt ned tusenvis Av Unionsstyrker. Dårlig utstyrt og bevæpnet for det meste med castoff rifler eller fanget våpen, Cherokees var godt egnet til denne typen krigføring. Watie ble forfremmet Til brigadegeneral I Mai 1864.Waties mest spektakulære seire omfattet erobringen Av En Føderal dampbåt, J. R. Williams, i juni 1864, og erobringen Av Et Unionens vogntog i Det Andre Slaget Ved Cabin Creek i September 1864. Hans tre mest beryktede handlinger var brenningen Av Rose Cottage, hjemmet Til Chief John Ross, Og Cherokee Council House i oktober 1863, og massakren Av Det Første Kansas-Fargede Infanteriet og 2. Regiment Kansas Volunteer Cavalry ved Hay Camp-Aksjonen (aka Slaget Ved Flat Rock) i September 1864.i februar 1865 Fikk Watie kommandoen over Den Indiske Delingen Av Indianerterritoriet, men var ikke i stand til å sette i gang noen offensive operasjoner. Han frigjorde de fleste av sine tropper etter sammenbruddet av Konføderert motstand våren 1865. Etter å ha deltatt i Camp Napoleon Council i Mai, Overga Stand Watie seg offisielt den 23. juni 1865, og ble den siste Konfødererte generalen som la ned sine våpen. Regimentet ble oppløst.

Slaget Ved Pea RidgeEdit

dette slaget fant sted 6. -8. Mars 1862 I Benton County I Arkansas, Med En Unionsseier.

Slaget Ved Old Fort WayneEdit

dette slaget fant sted den 22. oktober 1862 i Fort Wayne, Indianerterritoriet, med En Unionsseier.

Slaget Ved Cabin CreekEdit

dette slaget fant sted 1.-2. juli 1863 I Mayes County I Oklahoma, med En Seier For Unionen.