L’unità 731 è stata creata appositamente dai militari giapponesi ad Harbin, in Cina (allora parte del Manchukuo occupato dai giapponesi) per la ricerca di guerra biologica e chimica effettuando esperimenti umani su persone di tutte le età. Durante la seconda guerra sino-giapponese e la seconda guerra mondiale, i giapponesi avevano racchiuso la peste bubbonica, il colera, il vaiolo, il botulismo, l’antrace e altre malattie in bombe, che venivano regolarmente sganciate su combattenti e non combattenti cinesi. Secondo il Simposio internazionale del 2002 sui crimini della guerra batteriologica, il numero di persone uccise dalla guerra germinale dell’esercito imperiale giapponese e dagli esperimenti umani era di circa 580.000.

Durante i primi mesi della guerra contro gli Stati Uniti dopo l’attacco a Pearl Harbor, il Giappone pianificò di usare armi biologiche contro gli americani. Durante la campagna delle Filippine nel marzo 1942, i giapponesi pensarono di rilasciare 90 kg (200 libbre) di pulci portatrici di peste (circa 150 milioni di insetti) in ciascuno dei dieci attacchi separati, ma gli americani si arresero a Bataan prima che il piano fosse implementato. Intorno al novembre 1944, il Giappone lanciò un totale di 9.300 bombe incendiarie e antipersonali trasportate da palloni che erano progettate per salire a 10.000 m (30.000 ft), e poi essere spazzate verso est dalla corrente a getto verso gli Stati Uniti continentali. Hanno ucciso sei civili americani vicino a Bly, Oregon; si è schiantato in una fattoria a Medford, Oregon; e ha causato un corto circuito nelle linee elettriche che forniscono elettricità per le pompe di raffreddamento del reattore nucleare nell’impianto di produzione del progetto Manhattan nel sito di Hanford a Washington. Un sistema di backup ha ripristinato l’alimentazione. Durante la battaglia di Iwo Jima, un altro attacco biologico fu considerato contro gli invasori americani. Il pilota Shoichi Matsumoto in seguito raccontò come due alianti che trasportavano agenti patogeni avrebbero dovuto essere trainati durante la battaglia e rilasciati, ma gli alianti che avrebbero dovuto decollare dal Giappone continentale all’aeroporto di Matsumoto nel distretto di Pingfang in preparazione per l’attacco non raggiunsero mai la loro destinazione.