Durante la guerra civile, le truppe di Watie parteciparono a ventisette grandi scontri e numerose schermaglie minori. Anche se alcuni degli impegni erano battaglie di set-piece, la maggior parte delle loro attività utilizzate tattiche di guerriglia. Gli uomini di Watie lanciarono incursioni dal sud del fiume Canadese in tutto il territorio indiano settentrionale e nel Kansas e nel Missouri, legando migliaia di truppe dell’Unione. Mal equipaggiati e armati per lo più con fucili castoff o armi catturate, i Cherokee erano adatti a questo tipo di guerra. Watie fu promosso generale di brigata nel maggio 1864.

Le vittorie più spettacolari di Watie includevano la cattura di un piroscafo federale, il J. R. Williams, nel giugno 1864, e la cattura di un treno Union wagon nella Seconda battaglia di Cabin Creek nel settembre 1864. Le sue tre azioni più infami furono l’incendio di Rose Cottage, casa del capo John Ross, e la Cherokee Council House nell’ottobre 1863, e il massacro della prima fanteria colorata del Kansas e del 2nd Regiment Kansas Volunteer Cavalry all’azione di Hay Camp (aka la battaglia di Flat Rock) nel settembre 1864.

Nel febbraio 1865 Watie ricevette il comando della Divisione indiana del Territorio indiano, ma non fu in grado di lanciare alcuna operazione offensiva. Liberò la maggior parte delle sue truppe dopo il crollo della resistenza confederata nella primavera del 1865. Dopo aver partecipato al Consiglio di Campo Napoleone a maggio, Stand Watie si arrese ufficialmente il 23 giugno 1865, diventando l’ultimo generale confederato a deporre le armi. Il reggimento fu sciolto.

Battaglia di Pea RidgeEdit

Questa battaglia ebbe luogo il 6-8 marzo 1862 nella contea di Benton, Arkansas, con una vittoria dell’Unione.

Battaglia di Old Fort WayneEdit

Questa battaglia fu il 22 ottobre 1862, a Fort Wayne, Territorio indiano, con una vittoria dell’Unione.

Battaglia di Cabin CreekEdit

Questa battaglia ebbe luogo l ‘ 1-2 luglio 1863 nella contea di Mayes, Oklahoma, con una vittoria dell’Unione.