gyakran figyelmen kívül hagyják azokat a fizikai és kémiai akadályokat, amelyek megakadályozzák a kórokozók bejutását a test szöveteibe. Amint az 1. ábra mutatja, a legátfogóbb akadály a bőr vízálló rétege, amely lefedi a test felületét. Az emberi bőr a legtöbb kórokozót távol tartja, amíg sértetlen marad. Az a sebesség, amellyel a vágás vagy a legeltetés megfertőződhet, emlékeztet arra a védelemre, amelyet általában a bőrünktől kapunk.

1.ábra fizikai és kémiai akadályok a fertőzés ellen.

A vektor által terjesztett fertőzések (például malária) Gerinctelenek (például szúnyogok) harapásával terjednek át a bőrön, amikor vérlisztet vesznek. Az emberek érzékenyek a levegőben, az élelmiszerben, a vízben és a talajban lévő kórokozók inváziójára, vagy a fertőzött emberekkel, egyes állatokkal (pl. sertés, kutya, baromfi) vagy ezek ürüléke. Amint azt az 1. ábra szemlélteti, a légzőrendszer (orr, torok, légutak és tüdő), a gyomor, a belek, a húgyhólyag és a reproduktív traktus belső felülete olyan membránokkal van bélelve, amelyek zselészerű nyálkát választanak ki, gátat képezve a szöveteinkbe ezeken az útvonalakon bejutó kórokozók ellen. Mikroszkopikus szőrszálak úgynevezett csillók vonal a légutakat, és’ verte ‘ kórosan shunt nyálka tartalmazó csapdába kórokozók felé az orr és a száj, ahol lehet kiutasítani köhögés és tüsszentés, vagy lenyelik a gyomorba, ahol sav elpusztítja őket.

az 1. ábra a bélben és a reproduktív rendszerben található kommenzális baktériumok (néha ‘barátságos baktériumok’) versenyére utal. A kommensális baktériumok a bél és a reproduktív rendszer nem patogén lakói. Olyan helyet foglalnak el, amelyet egyébként kórokozó fajok gyarmatosíthatnának, és tápanyagokat használnak saját növekedésükhöz, ezáltal csökkentve a kórokozók szaporodásához és betegségekhez rendelkezésre álló erőforrásokat.

a fertőzés elleni kémiai akadályok közé tartoznak a könnyekben, nyálban és nyálkában lévő enzimek, amelyek lebontják a baktériumok felületét. Az izzadságban és a gyomorban lévő sav megöli a sejtes kórokozókat, és antibakteriális fehérjék vannak a spermában (a folyadék, amely férfi spermát tartalmaz).

az immunrendszer bonyolultabb mechanizmusaira csak akkor van szükség, ha a kórokozók áttörik ezeket a fizikai és kémiai akadályokat.