A 731-es egységet kifejezetten a japán hadsereg hozta létre Harbin, Kína (akkor a japánok által megszállt Mandzsukuo része) biológiai és kémiai hadviselés kutatására, mindenféle életkorú embereken végzett emberi kísérletekkel. A második kínai-japán háború és később a második világháború alatt a japánok bombákba ágyazták a bubópestist, a kolerát, a himlőt, a botulizmust, a lépfenét és más betegségeket, amelyeket rutinszerűen dobtak a kínai harcosokra és a nem harcosokra. A bakteriológiai hadviselés bűncselekményeiről szóló 2002-es Nemzetközi szimpózium szerint a Japán Császári Hadsereg baktériumháborúi és emberi kísérletei által megölt emberek száma körülbelül 580 000 volt.

Az Egyesült Államok elleni háború első néhány hónapjában a Pearl Harbor elleni támadást követően Japán biológiai fegyvereket tervezett használni az amerikaiak ellen. Közben Fülöp-szigeteki kampány 1942 márciusában a japánok fontolóra vették 90 kg (200 font) pestishordozó bolhák (körülbelül 150 millió rovar) felszabadítását tíz külön támadás mindegyikében, de az amerikaiak megadták magukat Bataan a terv végrehajtása előtt. 1944 novembere körül Japán összesen 9300 gyújtóbombát és léggömbökkel szállított személyellenes bombát indított el, amelyeket úgy terveztek, hogy 10 000 m-re (30 000 láb) emelkedjenek, majd a jet stream kelet felé söpörje az Egyesült Államok kontinentális részébe. Megölték hat amerikai civilek közelében Bly, Oregon; lezuhant egy farm Medford, Oregon; és rövidzárlatot okozott az elektromos vezetékekben, amelyek áramot szolgáltattak az atomreaktor hűtőszivattyúinak a Manhattan Projekt gyártóüzemében, a washingtoni Hanford telephelyen. A tartalék rendszer visszaállította az energiát. Közben Iwo Jima csata, újabb biológiai támadást fontolgattak a betolakodó amerikaiak ellen. Shoichi Matsumoto pilóta később elmesélte, hogy két kórokozót hordozó vitorlázót kellett volna vontatni a csata felett és elengedni, de azok a vitorlázók, amelyeknek Japán Szárazföldjéről kellett felszállniuk Matsumoto repülőterére Pingfang körzet a támadás előkészítése során soha nem érték el rendeltetési helyüket.