A polgárháború alatt Watie csapatai huszonhét nagyobb csatában és számos kisebb összecsapásban vettek részt. Bár az eljegyzések egy része darabos csata volt, tevékenységük nagy része gerilla taktikát alkalmazott. Watie emberei rajtaütéseket indítottak a Canadian folyótól délre az észak-indiai területeken, valamint Kansasba és Missouriba, megkötözve az uniós csapatok ezreit. A Cherokee-k rosszul felszereltek és többnyire lőfegyverekkel vagy elfogott fegyverekkel voltak felszerelve, jól illeszkedtek az ilyen típusú hadviseléshez. Watie-t 1864 májusában dandártábornokká léptették elő.

Watie leglátványosabb győzelmei közé tartozott egy szövetségi gőzhajó, a J. R. Williams, 1864 júniusában, valamint egy Union wagon vonat elfogása a második Cabin Creek-i csata 1864 szeptemberében. Három leghírhedtebb akciója a Rose Cottage, John Ross főnök otthona és a Cherokee Council House felgyújtása volt 1863 októberében, valamint az első Kansas színes gyalogság és a 2.Ezred Kansas önkéntes lovasság mészárlása a Hay Camp akcióban (más néven A Flat Rock csata) 1864 szeptemberében.

1865 februárjában Watie megkapta az indiai terület Indiai hadosztályának parancsnokságát, de nem tudott támadó műveleteket indítani. Csapatainak nagy részét a Konföderációs ellenállás 1865 tavaszán történt összeomlását követően szabadon engedte. Miután részt vett a Camp Napoleon Tanács május, Stand Watie hivatalosan megadta magát június 23, 1865 lett az utolsó konföderációs tábornok letette a karját. Az ezred feloszlott.

Battle of Pea RidgeEdit

Ez a csata volt március 6-8, 1862 Benton County, Arkansas, egy uniós győzelem.

Battle of Old Fort WayneEdit

Ez a csata volt október 22-én, 1862, Fort Wayne, Indiai terület, egy uniós győzelem.

Battle of Cabin CreekEdit

Ez a csata volt július 1-2, 1863 Mayes County, Oklahoma, egy uniós győzelem.