Avec la bataille de Trafalgar et l’effondrement des espoirs français d’invasion, Cotton prend le commandement de plusieurs navires stationnés au large du Tage au Portugal. Après l’invasion française de l’Ibérie, Cotton soutient étroitement les défenses portugaises et par la suite l’armée commandée par Sir Arthur Wellesley qui combat à la bataille de Vimeiro. L’amiral Cotton, nouvellement promu, s’opposa à la Convention de Sintra qui mit fin à la campagne et refusa de reconnaître la disposition qui permettait à l’escadre russe bloquée à Lisbonne de revenir en Russie en toute sécurité. Maintenant le blocus sur les objections des alliés et des ennemis, Cotton finit par forcer l’amiral russe à accepter une révision du traité selon lequel ses navires resteraient légalement russes mais seraient détenus dans un état désarmé dans un port britannique pendant la durée des hostilités anglo-russes.
En 1808, Cotton resta au large du Portugal et fit de Lisbonne le principal port pour l’invasion britannique de l’Ibérie plus tard dans l’année. Il a également planifié et exécuté l’extraction maritime des 30 000 hommes de l’armée de Sir John Moore piégés en Galice. Les plans de Cotton permettent à une flotte de transporter la grande majorité de l’armée après avoir vaincu une poursuite française serrée à la bataille de La Corogne. À la fin de l’année, le coton a été rappelé en Grande-Bretagne.
En 1810, Cotton est choisi comme remplaçant de Lord Collingwood au commandement de la Mediterranean Fleet après la mort soudaine de Collingwood. C’était le deuxième commandement maritime le plus élevé de la Marine, et Cotton poursuivit le blocus étroit de la flotte française à Toulon et étendit les opérations depuis la mer contre les troupes françaises opérant dans le sud de l’Espagne. Au milieu de 1811, Cotton est rappelé en Grande-Bretagne et prend le commandement de la flotte de la Manche des mains de Lord Gambier lors de la retraite de ce dernier. Cotton n’était en poste que cinq mois lorsque, le 23 février 1812, il s’effondra et mourut d’apoplexie à Plymouth après avoir inspecté la flotte dans ses couchettes d’hiver.
Cotton laisse dans le deuil sa femme et leurs quatre enfants. Lady Cotton est née Philadelphia Rowley (née vers 1763 et morte en 1855), fille de l’amiral Sir Joshua Rowley 1er Bt et petite-fille de l’amiral de la Flotte Sir William Rowley. Les Rowleys étaient déjà une dynastie navale de premier plan, avec trois baronnets gagnés par des membres individuels de la famille. Cotton a épousé Philadelphia Rowley en 1798. De leurs quatre enfants, le fils aîné devint Sir St Vincent Cotton, 6e baronnet (1801-1863) à l’âge de 10 ans. (Il ne s’est marié que peu de temps avant sa mort en 1863, et la baronnie s’est éteinte avec sa mort en janvier 1863). Sa fille Marie Susanna Rowley plus tard Lady King (décédée en 1871) était la deuxième épouse du vice-amiral Sir Richard King, 2e Bt, à partir de 1822, et a eu plusieurs enfants de lui.
Cotton a été enterré à l’église de Landwade dans le Cambridgeshire avec sa famille élevant un mémorial à sa mémoire à Madingley. Son mémorial par le monumental mason Flaxman a été érigé dans l’église paroissiale du Cambridgeshire.
