J’analyse quelques réactions de Diels-Alder et de Povarov par des calculs de QM (DFT, effectués sur Jaguar par Schrodinger). J’essaie de considérer tous les produits possibles pour collecter plus de données à l’avance à la lumière d’une possible variation asymétrique, donc pour chaque réaction j’ai 4 TS (chacune avec une seule fréquence négative qui implique les bons atomes et confirmée par IRC):
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côté endo+re du diénophile
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côté endo+si du diénophile
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côté exo+re du diénophile
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côté exo+si du diénophile
J’utiliserai leurs énergies en utilisant l’équation d’Eyring, pour, espérons-le, déterminer une préférence isomérique.
Je suis seul de ce côté du projet, puisque l’IP de calcul avec lequel je suis en contact gère principalement la découverte de médicaments et les projets medchem, il n’est pas un expert en calculs de QM, donc en pratique je suis autodidacte. Je voudrais discuter de quelques choses avec vous tous:
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Mon approche est-elle correcte du tout?
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Y a-t-il des modifications que je pourrais faire?
Maintenant pour la vraie question.
J’essaie de reproduire les résultats expérimentaux obtenus. Cependant, j’obtiens constamment des énergies TS plus faibles de l’exo-TSs, tandis que les deux endo-TSs ont une énergie légèrement plus élevée, alors que cela devrait être l’inverse, car pour autant que je sache, l’endo-T devrait être le plus faible en énergie mais conduire au produit thermodinamiquement moins stable. Je recherche un rapport endo / exo allant de 3: 1 à 7: 1. La différence est-elle trop petite pour être détectée par calcul ?. J’ai essayé quelques combinaisons de fonctions DFT, d’ensembles de bases et de conditions de calcul, car la réaction se fait dans du toluène à -30 ° C (4x2x4 = 32):
