Prefetching parallèle pour les simulations Canoniques d’Ensemble Monte Carlo

Afin de permettre des simulations moléculaires à grande échelle, les algorithmes doivent utiliser efficacement des processeurs multicœurs qui continuent d’augmenter le nombre total de cœurs au fil du temps avec des vitesses d’horloge relativement stagnantes. Bien que les logiciels de dynamique moléculaire parallélisée (MD) aient profité de cette tendance dans le matériel informatique, les perturbations à une particule avec Monte Carlo (MC) sont plus difficiles à paralléliser que les mises à jour à l’échelle du système dans MD utilisant la décomposition de domaine. Au lieu de cela, la pré-extraction reconstruit la chaîne de Markov en série après avoir calculé plusieurs essais MC en parallèle. Les simulations canoniques d’ensemble MC d’un fluide de Lennard-Jones avec pré-prélèvement ont abouti à une accélération jusqu’à un facteur de 1,7 en utilisant 2 threads et un facteur de 3 en utilisant 4 threads. Les stratégies visant à maximiser l’efficacité des simulations de pré-prélèvement sont discutées, y compris les avantages potentiellement contre-intuitifs d’une réduction des probabilités d’acceptation. La détermination de la probabilité d’acceptation optimale pour une simulation parallèle est simplifiée par une prédiction théorique à partir de données de simulation en série. Enfin, un code open-source complet pour les simulations de prefetch parallèles a été mis à disposition dans la Boîte à outils de simulation d’échantillonnage anticipé et d’énergie libre (FEAST).

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