Le chabot épineux s’adapte à des environnements allant de l’eau douce à l’eau salée, et des petits cours d’eau frais aux grandes rivières et lacs chauds. Le chabot épineux a une variété de formes car certains sont côtiers, d’autres vivent dans la vallée et certains sont limités au lac Clear proprement dit. Les formes côtières vivent rarement dans un cours d’eau sans estuaire et vont rarement plus de 50 km en amont, bien qu’elles aient été trouvées présentes sur plus de 120 km en amont, partageant souvent leur habitat avec le chabot côtier. Dans la vallée centrale de la Californie, ces poissons habitent les eaux de basse altitude. La limitation de la propagation de ces poissons semble être la qualité de l’eau, car le chabot épineux ne se trouve pas dans les eaux très polluées. Dans les cours d’eau, ces poissons utilisent une variété d’habitats bien qu’une bonne couverture ou une végétation en surplomb soit un fil conducteur. Le chabot épineux passe la majeure partie de la journée à se cacher de façon sédentaire et il devient alors actif dans l’alimentation et le mouvement la nuit. Lorsque les chabots épineux atteignent leur maturité sexuelle après 2, 3 ou 4 ans, ils se déplacent dans un endroit approprié en eau douce pour frayer et cacher les œufs sous un substrat rocheux meuble. La plupart des frayères ont lieu entre février et juin. Le mâle gardera les œufs fécondés jusqu’à leur éclosion. Lorsque les larves émergent, elles sont rapidement lavées en aval vers un estuaire ou un bassin lent profond. Dans les lacs et les estuaires, les larves deviennent pélagiques. Au fur et à mesure que les larves se transforment en poissons juvéniles, elles commencent à se déplacer vers une zone d’alimentation prospère, se déplaçant souvent en amont sur une distance considérable. Dans de nombreux cas, le mouvement des poissons, et en particulier des jeunes chabots épineux, est limité par des barrières ou des déviations artificielles. Dans les lacs, les chabots épineux juvéniles se nourrissent autour des rives du lac, puis se déplacent progressivement dans des eaux plus profondes à mesure qu’ils grandissent.

Les habitudes alimentaires du chabot épineux varient en fonction de l’emplacement géographique et/ou de la taille. Par exemple, dans le lac Clear, ces poissons peuvent se nourrir plus régulièrement tout au long de la journée. Les adultes et les juvéniles mangent des moucherons et des amphipodes. Alors que dans les cours d’eau côtiers, la source de nourriture comprend des invertébrés benthiques, des insectes aquatiques et des mollusques. Les chabots adultes peuvent compléter leur alimentation avec de petits poissons et des grenouilles.