Installation et utilisation de CheckM

Veuillez consulter la page d’accueil du projet pour les détails d’utilisation et les instructions d’installation: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

Nous ne recommandons pas d’installer CheckM à partir de la branche principale. Cela peut être instable. Veuillez installer une version officielle de CheckM ou utiliser pip.

Estimation de la qualité des génomes de RCP

Des informations sur l’obtention d’estimations de qualité améliorées pour les génomes de RCP (Patescibactéries) peuvent être trouvées ici: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows #using-cpr-marker-set

Migration vers Python 3

CheckM a été porté sur Python 3 pour accueillir Python 2 arrivant en fin de vie le 1er janvier 2020 . CheckM >=1.1.0 nécessite Python 3. Python 2 ne sera plus pris en charge activement. Toutes mes excuses pour tout problème que cela pourrait causer.

Merci à baudrly, Vini Salazar et Asaf Peer pour le portage initial de Python 2 à 3.

Validation Python 2 à 3

Le portage de CheckM vers Python 3 a été une validation sur un ensemble de 1 000 génomes sélectionnés au hasard parmi les génomes représentatifs de GTDB R89. Les résultats ont été comparés à ceux générés avec CheckM v1.0.18, la dernière version Python 2 de CheckM. Des résultats identiques ont été obtenus pour les méthodes ‘lineage_wf’, ‘taxonomy_wf’ et ‘ssu_finder’ dans cet ensemble de génomes de test. D’autres méthodes CheckM ont été exécutées sur un petit ensemble de 3 génomes pour vérifier qu’elles s’exécutent jusqu’à la fin sous Python 3.

Fonctionnalité supprimée

Les fonctionnalités suivantes ont été supprimées de CheckM v1.1.x afin de simplifier la base de code et de concentrer les requêtes CheckM et support sur les fonctionnalités critiques:

• bin_qa_plot: tracé non critique, rarement utilisé, qui ne s’adapte pas au grand nombre de MAG en cours de récupération
• par_plot: tracé non critique et les mêmes informations sont mieux présentées dans les tracés de distribution de référence
• cov_pca, tetra_pca: des alternatives à ces tracés statiques existent dans des outils tels que Anvi’o
• len_plot : tracé rarement utilisé qui est largement redondant avec les tracés len_hist et nx_plot
• bin_union, bin_compare : des alternatives riches en fonctionnalités existent maintenant telles que DAS Tool et UniteM

Rapports de bogues

Veuillez signaler les bogues via le système de problèmes GitHub.