Après le déclenchement de la guerre alors que les troupes géorgiennes entraient en Abkhazie en août 1992, la Confédération a tenu sa 11e session parlementaire à Grozny. Un objectif clair de la création de cette organisation est devenu évident après cette session. La Confédération a créé des détachements d’assaut de volontaires qui ont ensuite été déployés en Abkhazie pendant la guerre. La confédération a mobilisé environ 1 500 volontaires, dont la moitié proviendrait de Tchétchénie. Il a également été rapporté que le célèbre chef de guerre tchétchène Shamil Basayev est devenu commandant des forces du CMPC en 1992.

Le président de la Confédération, Musa Shanibov, et le président du parlement, Iysuph Soslanbekov, ont fait une déclaration officielle:

« Comme il n’y a pas d’autre moyen de retirer l’armée des occupants géorgiens du territoire de l’Abkhazie souveraine et afin de mettre en œuvre la résolution de la 10e session du CMPC, nous ordonnons:

1. Tous les quartiers généraux de la Confédération doivent envoyer des volontaires sur le territoire de l’Abkhazie pour écraser militairement l’agresseur.
2. Toutes les formations militaires de la Confédération doivent mener des actions militaires contre toutes les forces qui s’y opposent et tenter d’atteindre le territoire de l’Abkhazie par n’importe quelle méthode.
3. Pour annoncer Tbilissi comme une zone de catastrophe. À cela, utilisez toutes les méthodes, y compris les actes terroristes.
4. Déclarer comme otages toutes les personnes d’origine géorgienne sur le territoire de la Confédération.
5. Tous les types de cargaisons destinées à la Géorgie sont retenus. »

Le siège central de la Confédération, dirigé par Yusup Soslanbekov, était chargé de mettre en œuvre des mesures pratiques contre les « ennemis du peuple abkhaze ». Les forces du CMPC ont pris part à l’opération d’assaut de Gagra où des centaines de civils ont été tués.

Le 3 octobre, les formations abkhazes et confédérées lancent une attaque à grande échelle sur les villages de Kamani et Shroma (près de la rivière Gumista) qui est repoussée par les forces géorgiennes.

Massacre de Soukhoumi

Le 27 septembre 1993, la partie abkhaze a violé l’accord de cessez-le-feu sous médiation de l’ONU (la partie géorgienne avait accepté de retirer toute l’artillerie lourde et les chars de Soukhoumi en échange d’un cessez-le-feu) en prenant d’assaut Soukhoumi sans défense. Les confédérés se sont installés à Soukhoumi et ont commencé à balayer les rues de la ville. Alors que la ville était engloutie par de violents combats, les civils se sont réfugiés dans des maisons et des immeubles abandonnés. Certains des civils d’origine géorgienne ont été massacrés après leur découverte par les confédérés. En fin d’après-midi, le reste des troupes géorgiennes se rend du côté abkhaze. La majorité des prisonniers de guerre géorgiens ont été exécutés le même jour par des formations abkhazes et des confédérés. Peu de civils et de militaires ont réussi à survivre au massacre. Le massacre s’est poursuivi pendant deux semaines après la chute de Soukhoumi (Voir Nettoyage ethnique des Géorgiens en Abkhazie).