Description¶

Le style d’angle charmm utilise le potentiel

avec un terme Urey_Bradley supplémentaire basé sur la distance \(r\) entre le premier et le troisième atomes de l’angle. \(K\), \(\theta_0\), \(K_{ub}\) et \(R_{ub}\) sont des coefficients définis pour chaque type d’angle.

Voir (MacKerell) pour une description du champ de force CHARMM.

Les coefficients suivants doivent être définis pour chaque type d’angle via la commande angle_coeff comme dans l’exemple ci-dessus, ou dans le fichier de données ou les fichiers de redémarrage lus par les commandes read_data ou read_restart :

• \(K\)(énergie)

• \(\theta_0\)(degrés)

• \(K_{ub}\)( énergie/distance ^2)

• \(r_{ub}\)(distance)

\(\theta_0\) est spécifié en degrés, mais LAMMPS le convertit en toradiens en interne; par conséquent \(K\) est effectivement une énergie perradienne ^2.

Les styles avec un suffixe gpu, intel, kk, omp ou opt sont fonctionnellement les mêmes que le style correspondant sans le suffixe.Ils ont été optimisés pour fonctionner plus rapidement, en fonction de votre matériel disponible, comme indiqué sur la page doc des packages de vitesse. Les styles accélérés prennent les mêmes arguments et devraientproduire les mêmes résultats, à l’exception des problèmes d’arrondi et de précision.

Ces styles accélérés font partie des packages GPU, USER-INTEL, KOKKOS, USER-OMP et OPT, respectivement. Ils ne sont activés que si FLAMMPS a été construit avec ces paquets. Voir la page doc du package de construction pour plus d’informations.

Vous pouvez spécifier explicitement les styles accélérés dans votre script d’entrée, y compris leur suffixe, ou vous pouvez utiliser le commutateur de ligne de commande -suffixe lorsque vous appelez LAMMPS, ou vous pouvez utiliser la commande suffix dans votre script d’entrée.

Voir la page doc des paquets de vitesse pour plus d’instructions sur la façon d’utiliser efficacement les styles accélérés.