Depuis son développement initial en 2006, CHARMM-GUI s’est avéré être une plate-forme Web idéale pour construire de manière interactive des systèmes complexes et préparer leurs entrées avec des protocoles de simulation bien établis et reproductibles pour des simulations biomoléculaires de pointe en utilisant des packages de simulation largement utilisés tels que CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond et OpenMM. Le projet de développement CHARMM-GUI a été largement adopté à diverses fins et contient maintenant un certain nombre de modules différents conçus pour mettre en place une large gamme de systèmes de simulation biomoléculaire dans le générateur d’entrée. De nombreux modules originaux ont été développés en interne, mais nous avons établi des collaborations étroites avec les développeurs de CHARMM et d’autres packages de simulation MD pour l’ajout de nouveaux modules.
Notre philosophie dans le développement de CHARMM-GUI consiste moins à fournir les écrous et les boulons de la modélisation moléculaire, mais plutôt à aider les utilisateurs à accomplir une tâche, telle que la construction d’un système membranaire ou la solvatation d’une protéine, en fournissant une interface simplifiée. Ce principe de conception nous aide à penser le flux de travail de manière critique lors de la conception de l’interface, ce qui rend CHARMM-GUI accessible aux utilisateurs peu expérimentés dans les outils de modélisation et reste utile aux experts, en particulier pour la génération par lots de systèmes. CHARMM-GUI a été utilisé par de nombreux chercheurs, et c’est un outil reconnu dans les communautés de modélisation et de simulation biomoléculaires (voir Citations Google Scholar).
Le projet de développement de CHARMM-GUI est toujours en cours. Ces fonctionnalités ne sont pas seulement basées sur des demandes d’utilisateurs et de développeurs généraux, mais également sur un besoin émergent d’une plate-forme unifiée pour préparer et exécuter diverses approches de simulation avancées qui ont été développées et seront développées par de nombreux développeurs dans diverses communautés et packages de simulation. CHARMM-GUI continuera d’aider les chercheurs experts et non experts d’un plus large éventail de la communauté de la modélisation et de la simulation à construire les systèmes biomoléculaires complexes de leur intérêt et à préparer les fichiers d’entrée pour toute modélisation et simulation générale et avancée grâce à la vaste et unique portée de la fonctionnalité CHARMM-GUI. Il fournira également une ressource en ligne unique et efficace à la communauté de la recherche biomédicale pour mener des recherches de modélisation et de simulation biomoléculaires innovantes et novatrices.
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Le serveur CHARMM-GUI sera en panne pour maintenance le samedi 27 mars de 13h00 à 14h00 (HAE).
CHARMM-GUI nécessitera de créer un compte utilisateur à partir d’une semaine après la maintenance.
