Bowdre a travaillé comme cow-boy dans les ranchs de Thomas Yerby et Pete Maxwell pendant la guerre, en plus d’être un participant actif. Bowdre a épousé une Mexicaine de vingt-cinq ans, Manuela Herrera, quelques mois avant sa mort.

Manuela était la sœur de l’épouse de Doc Scurlock, María Antonia Miguela Herrera, connue sous le nom d’Antonia. Le fait qu’il était récemment marié à sa mort suggère peut-être qu’il aurait été moins susceptible d’avoir été impliqué dans les activités du gang pendant les quelques semaines qui se sont écoulées entre son mariage et sa mort.

En décembre 1880, Charlie Bowdre était prêt à abandonner l’équitation avec Billy the Kid et à se rendre pour le meurtre de Buckshot Roberts, mais il rejoignit toujours le reste du gang en mission pour tendre une embuscade à Pat Garrett à Fort Sumner.

Une bataille d’armes à feu s’ensuivit, mais Bowdre et la plupart des membres du gang de Kid s’échappèrent vivants. Le 23 décembre, cependant, le gang s’est retranché dans une maison rocheuse à Stinking Springs, au Nouveau-Mexique.

À l’aube, Bowdre émergea pour nourrir les chevaux et fut criblé de balles de fusil par la troupe de Garrett, qui avait encerclé le bâtiment dans la nuit. Plus tard dans la journée, Billy the Kid et ses partenaires ont abandonné. Après avoir été criblé de balles, il retomba dans la porte où, sous l’impulsion de Billy the Kid de « prendre quelques-uns d’entre eux avec vous quand vous mourrez », Bowdre fit une vaillante sortie.

Malheureusement, il était déjà trop faible et proche de la mort à ce moment-là et ne pouvait pas sortir son arme de son étui. Dans les dernières secondes de sa vie, il trébucha et tomba vers Garrett en répétant la phrase: « Je souhaite…J’aimerais… »

Ses restes ont été rendus à sa femme, et il a été enterré à côté de Tom O’Folliard, un autre membre du gang de Billy. Ils furent rejoints plus tard par Billy lui-même, après qu’il eut été tué en juillet 1881.