Après l’émeute raciale de 1919, lorsque les noirs ont riposté aux attaques blanches dans le cadre de la violence urbaine dans de nombreuses villes pendant l’Été rouge, Johnson a travaillé comme chercheur pour la National Urban League et en 1921, il est devenu directeur de recherche de la Ligue. Pendant son séjour à la National Urban League, il a également fondé le magazine Opportunity comme un exutoire pour l’expression des noirs dans les arts. Il a été chercheur principal et auteur pour la Commission de Chicago sur les relations raciales pour son rapport sur l’émeute. Les journaux de l’époque avaient rapporté que les instigateurs étaient en grande partie des Irlandais de souche essayant de maintenir la domination économique et sociale sur les noirs du sud de Chicago; Johnson a noté que les Afro-Américains s’étaient rebellés contre le déni des opportunités économiques et sociales. Son travail est fondamental pour The Negro in Chicago: A Study of Race Relations and a Race Riot (1922), publié par les presses de l’Université de Chicago. Il était considéré comme un modèle classique pour les rapports complets de la commission.
Dans les années 1920, Johnson s’installe à New York, où il devient directeur de recherche pour la National Urban League. Il était un « entrepreneur de la Renaissance de Harlem », le mouvement créatif des écrivains et artistes afro-américains de l’époque. Il a édité deux revues qui ont publié de nombreux écrivains de l’époque et a créé des prix à la National Urban League pour récompenser les jeunes écrivains. À Harlem, il a plaidé pour les artistes noirs en disant qu’ils devaient utiliser leurs propres expériences comme base de leur créativité, rejetant les normes européennes. Son objectif était d’améliorer l’image de soi et le caractère des Noirs, et il pensait qu’en écrivant, ils pouvaient y parvenir.
Retour au Suddit
Johnson aspirait à retourner dans le Sud, non seulement pour étudier les relations raciales, mais pour les changer. En 1926, il s’installe à Nashville et occupe le poste de président du département de sociologie de l’Université Fisk, un collège historiquement noir. Là, il a écrit ou dirigé de nombreuses études sur la façon dont les facteurs juridiques, économiques et sociaux combinés produisaient une structure raciale oppressive. Deux de ses œuvres sont devenues des classiques: L’ombre de la Plantation (1934), et Grandir dans la Ceinture noire (1940).
En 1929, un missionnaire américain au Libéria rapporta que les autorités libériennes utilisaient des soldats pour rassembler les populations tribales qui étaient expédiées sur l’île de Fernando Po comme travailleurs forcés.Le gouvernement libérien a nié les accusations et a invité une commission d’enquête de la Société des Nations.Cuthbert Christy, de Grande-Bretagne, dirigeait la commission.Johnson était le représentant des États-Unis. L’ancien président du Libéria Arthur Barclay représentait son pays. La commission a commencé ses travaux le 8 avril 1930. Le résultat des enquêtes a été un rapport franc présenté en septembre 1930.It a constaté que les ouvriers avaient été recrutés « sous la contrainte criminelle à peine distinguable des raids d’esclaves et de la traite des esclaves. »À la suite du rapport Christy, le président Charles D. B. King et le vice-président Allen N. Yancy ont tous deux démissionné.
En 1930, Johnson a reçu le Prix Harmon pour la science, pour son travail Le Nègre dans la civilisation américaine.
En 1946, Johnson fut nommé premier président noir de l’Université Fisk. Il a attiré des professeurs exceptionnels, dont l’auteur Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas et others.In En 1946, Johnson est l’un des 20 éducateurs américains sélectionnés pour donner des conseils sur la réforme de l’éducation dans le Japon occupé. Il a également été consultant pour plusieurs conférences de la Maison Blanche sur la jeunesse dans la société américaine et membre du premier Conseil des bourses étrangères du Programme Fulbright.
Johnson a vécu pour célébrer la décision historique de la Cour suprême Brown v. Board of Education (1954), qui a statué que la ségrégation raciale dans les écoles publiques était inconstitutionnelle. Il a joué un rôle clé dans l’effort de mise en œuvre de la décision face à une « résistance massive » dans le Sud. Son travail et celui de ses pairs ont également contribué à l’adoption de la législation fédérale sur les droits civils du milieu des années 1960.
Il était membre de la fraternité Alpha Phi Alpha. Il était également membre fondateur du chapitre Zeta Rho de la fraternité musicale Phi Mu Alpha Sinfonia, affrété à Fisk en 1953.
Johnson meurt subitement en 1956. Il voyageait en train de Nashville à New York lorsqu’il a eu une crise cardiaque sur le quai à un arrêt à Louisville, dans le Kentucky. Il avait 63 ans.