Chauncy est né dans la classe marchande puritaine d’élite qui régnait sur Boston, Massachusetts. Son arrière-grand-père, Charles Chauncy, en l’honneur duquel il a été nommé, était le deuxième président du Harvard College. Son père était un marchand prospère de Boston. Chauncy a fait ses études à la Boston Latin School et à Harvard, où il a obtenu son diplôme de premier cycle et sa maîtrise en théologie. En 1727, Chauncy a été ordonné ministre adjoint de la Première Église de Boston, la plus ancienne église congrégationaliste de la ville et l’une des plus importantes de la Nouvelle-Angleterre. En 1762, Chauncy devint pasteur de la Première Église. Il a servi la congrégation pendant 60 ans jusqu’à sa mort.

Chauncy était un adversaire du Premier Grand Réveil, qui divisait les Églises congrégationalistes entre les factions de l’Ancienne Lumière et de la Nouvelle Lumière. En tant que chef des Anciennes Lumières, Chauncy s’est prononcé contre l’enthousiasme religieux suscité par les prédicateurs du réveil. Chauncy était également un chef de l’opposition contre la nomination d’un évêque anglican pour les colonies américaines. Pendant la Révolution américaine, il a soutenu la cause des patriotes par des sermons et des pamphlets. Selon les chercheurs en études religieuses Norman et Lee Gibbs, Chauncy mérite le titre de « théologien de la Révolution américaine ».

Chauncy était membre fondateur de l’Académie américaine des Arts et des Sciences (1780) et a reçu un doctorat honorifique en théologie de l’Université d’Édimbourg. Il a été reconnu par la Massachusetts Historical Society (lorsque son portrait y a été accroché) comme  » éminent pour ses talents, son apprentissage et son amour de la liberté, civile et religieuse. »