yksikkö 731 luotiin varta vasten Japanin armeijan toimesta Harbinissa, Kiinassa (silloin osa Japanin miehittämää Mantšukuota) tutkimaan biologista ja kemiallista sodankäyntiä tekemällä ihmiskokeita kaikenikäisillä ihmisillä. Toisen Kiinan-Japanin sodan ja myöhemmin toisen maailmansodan aikana japanilaiset olivat koteloineet paiseruton, koleran, isorokon, botulismin, pernaruton ja muita tauteja pommeiksi, joita pudotettiin rutiininomaisesti Kiinalaistaistelijoille ja ei-taistelijoille. Vuonna 2002 järjestetyn bakteriologisen sodankäynnin rikoksia käsittelevän kansainvälisen symposiumin mukaan Keisarillisen Japanin armeijan bakteerisodankäynnissä ja ihmiskokeissa kuoli noin 580 000 ihmistä.

Pearl Harboriin tehtyä hyökkäystä seuranneen Yhdysvaltoja vastaan käydyn sodan ensimmäisten kuukausien aikana Japani suunnitteli käyttävänsä biologisia aseita amerikkalaisia vastaan. Filippiinien sotaretken aikana maaliskuussa 1942 japanilaiset harkitsivat vapauttavansa 90 kg (200 lbs) ruttoa kantavia kirppuja (noin 150 miljoonaa hyönteistä) jokaisessa kymmenessä erillisessä hyökkäyksessä, mutta amerikkalaiset antautuivat Bataanissa ennen suunnitelman toteuttamista. Marraskuun 1944 tienoilla Japani laukaisi yhteensä 9 300 ilmapallojen kuljettamaa sytytys-ja jalkaväkipommia, joiden oli tarkoitus nousta 10 000 metriin, minkä jälkeen suihkuvirtaus pyyhkäisi ne itään Manner-Yhdysvaltoihin. He tappoivat kuusi amerikkalaista siviiliä Blyn lähellä Oregonissa, törmäsivät maatilalle Medfordissa Oregonissa; ja aiheutti oikosulun ydinreaktorin jäähdytyspumppuihin johtavissa voimalinjoissa Manhattan-projektin tuotantolaitoksessa Hanfordin tehtaalla Washingtonissa. Varajärjestelmä palautti virran. Iwo Jiman taistelun aikana harkittiin toista biologista hyökkäystä hyökkääviä amerikkalaisia vastaan. Lentäjä Shoichi Matsumoto kertoi myöhemmin, kuinka kaksi taudinaiheuttajia kuljettavaa purjelentokonetta oli tarkoitus hinata taistelun yli ja vapauttaa, mutta purjelentokoneet, joiden piti nousta Manner-Japanista Matsumoton lentokentälle Pingfangin alueelle valmistautumaan hyökkäykseen, eivät koskaan päässeet määränpäähänsä.