Mit der Schlacht von Trafalgar und dem Zusammenbruch der französischen Invasionshoffnungen übernahm Cotton das Kommando über mehrere Schiffe, die vor dem Tejo in Portugal stationiert waren. Nach der französischen Invasion in Iberien unterstützte Cotton eng die portugiesische Verteidigung und anschließend die Armee unter Sir Arthur Wellesley, die in der Schlacht von Vimeiro kämpfte. Admiral Cotton, neu befördert, widersprach der Konvention von Sintra, die die Kampagne beendete, und weigerte sich, die Bestimmung anzuerkennen, die dem blockierten russischen Geschwader in Lissabon eine sichere Rückkehr nach Russland ermöglichte. Aufrechterhaltung der Blockade über die Einwände von Verbündeten und Feinden gleichermaßen, Cotton zwang den russischen Admiral schließlich, einer Revision des Vertrags zuzustimmen, in dem seine Schiffe legal russisch blieben, aber für die Dauer der anglo-russischen Feindseligkeiten in einem britischen Hafen in einem entwaffneten Zustand gehalten würden.Im Jahr 1808 blieb Cotton vor Portugal und arrangierte Lissabon als Haupthafen für die britische Invasion von Iberia später im Jahr. Er plante und führte auch die seeseitige Extraktion der 30.000 Mann der Armee von Sir John Moore durch, die in Galizien gefangen waren. Cottons Pläne erlaubten es einer Flotte, die überwiegende Mehrheit der Armee zu entfernen, nachdem sie die französischen Truppen in der Schlacht von Corunna besiegt hatten. Ende des Jahres wurde Baumwolle nach Großbritannien zurückgerufen.Im Jahr 1810 wurde Cotton nach Collingwoods plötzlichem Tod als Lord Collingwoods Ersatz für das Kommando über die Mittelmeerflotte ausgewählt. Dies war das zweithöchste Seekommando in der Marine, und Cotton setzte die enge Blockade der französischen Flotte in Toulon fort und erweiterte die Operationen vom Meer aus gegen französische Truppen in Südspanien. Mitte 1811 wurde Cotton nach Großbritannien zurückgerufen und übernahm das Kommando über die Kanalflotte von Lord Gambier bei dessen Pensionierung. Cotton war nur fünf Monate auf dem Posten, als er am 23.Februar 1812 in Plymouth zusammenbrach und an Apoplexie starb, nachdem er die Flotte in ihren Winterliegeplätzen inspiziert hatte.
Cotton hinterließ seine Frau und ihre vier Kinder. Lady Cotton wurde geboren Philadelphia Rowley (b ca 1763 d 1855), Tochter von Admiral Sir Joshua Rowley 1. Bt, und Enkelin von Admiral der Flotte Sir William Rowley. Die Rowleys waren bereits eine prominente Marine-Dynastie, mit drei Baronetcies von einzelnen Familienmitgliedern gewonnen. Cotton heiratete 1798 Philadelphia Rowley. Von ihren vier Kindern wurde der älteste Sohn Sir St. Vincent Cotton, 6. Baronet (1801-1863) im Alter von 10 Jahren. (Er heiratete erst kurz vor seinem Tod 1863, und die Baronetcy erlosch mit seinem Tod im Januar 1863). Seine Tochter Marie Susanna Rowley später Lady King (d. 1871) war die zweite Frau von Vizeadmiral Sir Richard King, 2. Bt, ab 1822, und hatte mehrere Kinder von ihm.Cotton wurde in der Landwade Church in Cambridgeshire begraben, seine Familie errichtete in Madingley ein Denkmal für ihn. Sein Denkmal des monumentalen Maurers Flaxman wurde in der Cambridgeshire Parish Church errichtet.
