Die Kentucky Cave Shrimp wurde 1983 als gefährdete Art gemäß dem Endangered Species Act registriert und 1994 in die Rote Liste der IUCN als gefährdet aufgenommen. Derzeit sind nur noch einige tausend übrig. Es ist vor allem durch kontaminiertes Grundwasser bedroht, das in seinen Lebensraum fließt. Mehrere nahe gelegene Gemeinden verfügen entweder über unzureichende Abwasserbehandlungsanlagen oder es fehlen solche Einrichtungen überhaupt. Eine weitere potenzielle Bedrohung ist das Eindringen von Schadstoffen aus Verkehrsunfällen und Straßenverkehr. Ein Vorfall im Jahr 1979 verursachte den Tod von aquatischen Höhlenorganismen in einem Teil des Mammoth Cave-Systems, und in einem Vorfall im Jahr 1980 kippte ein Lastwagen mit giftigen Cyanidsalzen auf der Interstate 65 südlich des Mammoth Cave National Park um.

Ein Wiederherstellungsplan ist im Gange, der Folgendes umfasst:

1. Vermessung des Standorts und des Ausmaßes aller Gebiete, in denen Garnelen leben
2. Durchführung der Lebensgeschichte und anderer Untersuchungen, die erforderlich sind, um festzustellen, was eine lebensfähige Population ausmacht
3. Überwachung des Populationsstatus
4. Aufrechterhaltung einer angemessenen Wasserqualität;
5. Schutz der Garnelen vor eingeschleppten Raubtieren
6. Produktion und Durchführung öffentlicher Bildungsprogramme.