CheckM installieren und verwenden

Einzelheiten zur Verwendung und Installationsanweisungen finden Sie auf der Projekthomepage: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

Wir empfehlen, CheckM nicht über den Master-Zweig zu installieren. Dies kann instabil sein. Bitte installieren Sie eine offizielle Version von CheckM oder verwenden Sie pip.

Schätzung der Qualität von CPR-Genomen

Informationen zum Erhalten verbesserter Qualitätsschätzungen für CPR-Genome (Patescibacteria) finden Sie hier:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-cpr-marker-set

Migration nach Python 3

CheckM wurde auf Python 3 portiert, um Python 2 zu unterstützen, das am 1. Januar 2020 das Lebensende erreicht. CheckM >=1.1.0 benötigt Python 3. Python 2 wird nicht mehr aktiv unterstützt. Entschuldigung für alle Probleme, die dies verursachen kann.Vielen Dank an baudrly, Vini Salazar und Asaf Peer für die erste Portierung von Python 2 auf 3.

Python 2 bis 3 Validierung

Die Portierung von CheckM nach Python 3 erfolgte anhand eines Satzes von 1.000 Genomen, die zufällig aus den repräsentativen GTDB R89-Genomen ausgewählt wurden. Die Ergebnisse wurden mit denen verglichen, die mit CheckM v1.0.18, der letzten Python 2-Version von CheckM, generiert wurden. Identische Ergebnisse wurden für die Methoden ‚lineage_wf‘, ‚taxonomy_wf‘ und ’ssu_finder‘ für diesen Satz von Testgenomen erhalten. Andere CheckM-Methoden wurden an einem kleinen Satz von 3 Genomen ausgeführt, um zu überprüfen, ob sie unter Python 3 vollständig ausgeführt werden.

Funktionalität entfernt

Die folgenden Funktionen wurden aus CheckM v1.1 entfernt.x um die Codebasis zu vereinfachen und CheckM- und Supportanfragen auf kritische Funktionen zu konzentrieren:

• bin_qa_plot: unkritischer, selten verwendeter Plot, der nicht auf die große Anzahl von MAGs skaliert, die jetzt wiederhergestellt werden
• par_plot: Unkritischer Plot und die gleichen Informationen werden besser in den Referenzverteilungsdiagrammen dargestellt
• cov_pca, tetra_pca: alternativen zu diesen statischen Plots gibt es in Tools wie Anvi’o
• len_plot: selten verwendeter Plot, der mit den Plots len_hist und nx_plot weitgehend redundant ist
• bin_union, bin_compare: Es gibt jetzt funktionsreiche Alternativen wie DAS Tool und UniteM

Fehlerberichte

Bitte melden Sie Fehler über das GitHub issues-System.