Charles Louis Alphonse Laveran wurde am 18.Juni 1845 in Paris in dem Haus geboren, das früher die Rue de l’Est Nr. 19 war, aber später, als dieses Viertel umgebaut wurde, ein Hotel am Boulevard St. Michel Nr. 125 wurde.
Sowohl sein Vater als auch sein Großvater väterlicherseits waren Mediziner. Sein Vater, Dr. Louis Théodore Laveran, war ein Armeearzt und Professor an der École de Val-de-Grâce, seine Mutter, née Guénard de la Tour, war die Tochter und Enkelin von hochrangigen Armeekommandanten. Als er sehr jung war, ging Alphonse mit seiner Familie nach Algerien. Sein Vater kehrte als Professor an der École de Val-de-Grâce nach Frankreich zurück, deren Direktor er im Rang eines Armeeinspektors wurde.Alphonse, nachdem er seine Ausbildung in Paris am Collège Saint Baube und später am Lycée Louis-le-Grand abgeschlossen hatte, wollte dem Beruf seines Vaters folgen und bewarb sich 1863 an der öffentlichen Gesundheitsschule in Straßburg, wurde dort zugelassen und besuchte die Kurse für vier Jahre. 1866 wurde er als Assistenzmediziner in die Straßburger Zivilkrankenhäuser berufen. 1867 legte er eine Dissertation über die Regeneration von Nerven vor. Im Jahr 1870, als der deutsch-französische Krieg ausbrach, war er medizinischer Assistent-Major und wurde als Krankenwagenoffizier zur Armee nach Metz geschickt. Er nahm an den Schlachten von Gravelotte und Saint-Privat sowie an der Belagerung von Metz teil. Nach der Kapitulation von Metz kehrte er nach Frankreich zurück und wurde zuerst dem Krankenhaus Lille und dann dem Krankenhaus St. Martin in Paris beigefügt. 1874 wurde er nach einer Wettbewerbsprüfung auf den Lehrstuhl für Militärkrankheiten und Epidemien an der École de Val-de-Grâce berufen, der zuvor von seinem Vater besetzt worden war. 1878, als seine Amtszeit zu Ende war, wurde er nach Bône in Algerien geschickt und blieb dort bis 1883. In dieser Zeit führte er seine Hauptforschungen über die menschlichen Malariaparasiten zunächst an der Bône und später in Constantine durch.
1882 ging er nach Rom mit dem besonderen Ziel, im Blut von Patienten, die sich in der römischen Campagna mit Malaria infiziert hatten, die Parasiten zu suchen, die er im Blut von Patienten in Algerien gefunden hatte. Seine Forschungen im San Spirito Hospital bestätigten ihn in der Meinung, dass die von ihm beschriebenen Blutparasiten tatsächlich die Ursache für Malaria waren. Seine ersten Mitteilungen über die Malariaparasiten wurden mit großer Skepsis aufgenommen, aber nach und nach wurden bestätigende Forschungen von Wissenschaftlern aus allen Ländern veröffentlicht, und 1889 verlieh ihm die Akademie der Wissenschaften den Bréant-Preis für seine Entdeckung, die seit dieser Zeit nicht mehr bestritten wurde, der Malariaparasiten. 1884 wurde er Professor für Militärhygiene an der École de Val-de-Grâce.1894, nach dem Ende seiner Amtszeit als Professor, wurde er zum Chefarzt des Militärkrankenhauses in Lille und dann zum Direktor des Gesundheitswesens des 11.Armeekorps in Nantes ernannt. Er hatte weder ein Labor noch Patienten, aber er wollte seine wissenschaftlichen Untersuchungen fortsetzen. Er hielt nun den Rang eines Principal Medical Officer der Ersten Klasse und im Jahre 1896 trat er in die Pasteur-Institut als Chef des Ehrendienstes. Von 1897 bis 1907 führte er viele originelle Forschungen an endoglobulären Hämatozoen sowie an Sporozoen und Trypanosomen durch. 1907 erhielt er den Nobelpreis für seine Arbeit über Protozoen bei der Entstehung von Krankheiten und gab die Hälfte des Preises an die Gründung des Labors für Tropenmedizin am Pasteur-Institut. 1908 gründete er die Société de Pathologie Exotique, deren Vorsitzender er 12 Jahre lang war. Er hat sein Interesse an Malaria nicht aufgegeben. Er besuchte die malariösen Gebiete Frankreichs (Vendée, Camargue und Korsika). Er war der erste, der die Ansicht vertrat, dass der Malariaparasit außerhalb des menschlichen Körpers als Parasit der Culicidae gefunden werden muss, und nachdem diese Ansicht durch die geduldigen Forschungen von Ronald Ross bewiesen worden war, spielte er eine große Rolle bei der Untersuchung der Beziehungen zwischen Anopheles und Malaria in der Kampagne gegen endemische Krankheiten in Sümpfen, insbesondere in Korsika und Algerien.
Seit 1900 untersuchte er insbesondere die Trypanosomen und veröffentlichte unabhängig oder in Zusammenarbeit mit anderen eine große Anzahl von Arbeiten zu diesen Blutparasiten. Er studierte sukzessive: die Trypanosomen der Ratte, die Trypanosomen, die Nagana und Surra verursachen, das Trypanosom der Pferde in Gambia, ein Trypanosom der Rinder im Transvaal, die Trypanosomiasen des oberen Niger, die Trypanosomen der Vögel, Chelonier, Batrachianer und Fische und schließlich und vor allem das Trypanosom, das die schreckliche endemische Krankheit Äquatorialafrikas verursacht, die als Schlafkrankheit bekannt ist. Seine Arbeit (nicht abgeschlossen) zur Behandlung von Trypanosomiasen und insbesondere zu Infektionen mit Tr.gambiense hat bereits wichtige Ergebnisse erzielt.Zusammenfassend lässt sich sagen, dass Laveran 27 Jahre lang nicht aufgehört hat, an pathogenen Protozoen zu arbeiten, und das Feld, das er durch seine Entdeckung der Malariaparasiten eröffnete, wurde zunehmend erweitert. Protozoenkrankheiten bilden heute eines der interessantesten Kapitel in der medizinischen und veterinärmedizinischen Pathologie.
Laveran wurde 1893 zum Mitglied der Akademie der Wissenschaften gewählt. 1912 wurde er Kommandeur der Ehrenlegion. In den Jahren 1914-1918 nahm er an allen Ausschüssen teil, die sich mit der Aufrechterhaltung der Gesundheit der Truppen befassten, besuchte Armeekorps, erstellte Berichte und entsprechende Anweisungen. Er war Mitglied, assoziiertes oder Ehrenmitglied einer Vielzahl von gelehrten Gesellschaften in Frankreich, Großbritannien, Belgien, Italien, Portugal, Ungarn, Rumänien, Russland, den USA, Niederländisch-Indien, Mexiko, Kuba und Brasilien.
1885 heiratete er Frau Pidancet. Am 18.Mai 1922 starb er nach mehrmonatiger Krankheit.