Seit seiner ursprünglichen Entwicklung im Jahr 2006 hat sich CHARMM-GUI als ideale webbasierte Plattform erwiesen, um komplexe Systeme interaktiv zu erstellen und ihre Eingaben mit etablierten und reproduzierbaren Simulationsprotokollen für hochmoderne biomolekulare Simulationen mit weit verbreiteten Simulationspaketen wie CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond und OpenMM vorzubereiten. Das CHARMM-GUI-Entwicklungsprojekt wurde für verschiedene Zwecke weitgehend übernommen und enthält nun eine Reihe verschiedener Module, mit denen eine breite Palette biomolekularer Simulationssysteme in Input Generator eingerichtet werden kann. Viele Originalmodule wurden als Eigenleistung entwickelt, aber wir haben enge Kooperationen mit den Entwicklern von CHARMM und anderen MD-Simulationspaketen für die Hinzufügung neuerer Module aufgebaut.
Unsere Philosophie in CHARMM-GUI-Entwicklung ist weniger über die Bereitstellung der Muttern und Schrauben der molekularen Modellierung, sondern konzentrierte sich auf die Unterstützung der Benutzer, um eine Aufgabe zu erreichen, wie der Aufbau eines Membransystems oder solvating ein Protein, durch die Bereitstellung einer optimierten Schnittstelle. Dieses Designprinzip hilft uns, den Workflow bei der Gestaltung der Benutzeroberfläche kritisch zu betrachten, was dazu führt, dass CHARMM-GUI für Benutzer mit wenig Erfahrung in Modellierungswerkzeugen zugänglich ist und für Experten nützlich bleibt, insbesondere für die Batch-Generierung von Systemen. CHARMM-GUI wurde von vielen Forschern verwendet und ist ein anerkanntes Werkzeug in den biomolekularen Modellierungs- und Simulationsgemeinschaften (siehe Google Scholar Citations).
Das CHARMM-GUI-Entwicklungsprojekt läuft noch. Diese Funktionalitäten basieren nicht nur auf Anfragen allgemeiner Benutzer und Entwickler, sondern auch auf dem aufkommenden Bedarf an einer einheitlichen Plattform zur Vorbereitung und Ausführung verschiedener fortschrittlicher Simulationsansätze, die von vielen Entwicklern in verschiedenen Simulationsgemeinschaften und -paketen entwickelt wurden und entwickelt werden. CHARMM-GUI wird weiterhin Experten und Nicht-Experten aus einem breiteren Spektrum der Modellierungs- und Simulationsgemeinschaft helfen, die komplexen biomolekularen Systeme ihres Interesses aufzubauen und die Eingabedateien für jede allgemeine und fortgeschrittene Modellierung und Simulation durch den großen und einzigartigen Umfang der CHARMM-GUI-Funktionalität vorzubereiten. Es wird auch eine effektive Online-Ressource aus einer Hand für die biomedizinische Forschungsgemeinschaft bieten, um innovative und neuartige biomolekulare Modellierungs- und Simulationsforschung durchzuführen.
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Der CHARMM-GUI Server wird am Samstag, den 27.März von 1:00 – 2:00 Uhr (EDT) wegen Wartungsarbeiten ausfallen.
CHARMM-GUI erfordert ein Benutzerkonto von einer Woche nach der Wartung zu erstellen.
