Bowdre arbeitete als Cowboy auf den Ranches von Thomas Yerby und Pete Maxwell während des Krieges und war ein aktiver Teilnehmer. Bowdre heiratete einige Monate vor seinem Tod eine fünfundzwanzigjährige Mexikanerin, Manuela Herrera. Manuela war eine Schwester von Doc Scurlocks Frau María Antonia Miguela Herrera, bekannt als Antonia. Die Tatsache, dass er vor kurzem verheiratet war, als er starb, deutet vielleicht darauf hin, dass er in den wenigen Wochen zwischen seiner Ehe und seinem Tod weniger wahrscheinlich an den Aktivitäten der Bande beteiligt gewesen wäre.Im Dezember 1880 war Charlie Bowdre bereit, mit Billy the Kid aufzuhören und sich für den Mord an Buckshot Roberts zu ergeben, aber er schloss sich immer noch dem Rest der Bande an, um Pat Garrett in Fort Sumner zu überfallen.

Es kam zu einer Schießerei, aber Bowdre und die meisten Bandenmitglieder des Kindes entkamen lebend. Im Dezember 23, jedoch, Die Bande wurde in einem Rockhaus in Stinking Springs verschanzt, New Mexico.

Im Morgengrauen tauchte Bowdre auf, um die Pferde zu füttern, und wurde von Garretts Truppe, die das Gebäude in der Nacht umstellt hatte, mit Gewehrschnecken durchsetzt. Später an diesem Tag gaben Billy the Kid und seine Partner auf. Nachdem er mit Kugeln durchsetzt war, fiel er zurück in die Tür, wo Bowdre auf Drängen von Billy the Kid, „ein paar davon mitzunehmen, wenn du stirbst“, einen tapferen Ausgang machte.

Leider war er zu diesem Zeitpunkt bereits zu schwach und dem Tode nahe und konnte seine Waffe nicht aus dem Holster holen. In den letzten Sekunden seines Lebens stolperte er und fiel auf Garrett zu und wiederholte den Satz: „Ich wünschte…Ich wünschte…“

Seine sterblichen Überreste wurden seiner Frau zurückgegeben und er wurde neben Tom O’Folliard, einem anderen Mitglied von Billys Bande, beigesetzt. Zu ihnen gesellte sich später Billy selbst, nachdem er im Juli 1881 getötet worden war.