Nach dem Rassenaufstand von 1919, als Schwarze im Rahmen der städtischen Gewalt in zahlreichen Städten während des Roten Sommers gegen weiße Angriffe ankämpften, arbeitete Johnson als Forscher für die National Urban League und wurde 1921 Forschungsdirektor der Liga. Während seiner Zeit bei der National Urban League gründete er auch die Zeitschrift Opportunity als Ventil für schwarzen Ausdruck in der Kunst. Er war ein leitender Forscher und Autor für die Chicago Commission on Race Relations für ihren Bericht über den Aufstand. Zeitungen der Zeit hatten berichtet, dass die Anstifter größtenteils ethnische Iren waren, die versuchten, die wirtschaftliche und soziale Dominanz über Schwarze in Südchikago aufrechtzuerhalten; Johnson bemerkte, dass Afroamerikaner gegen die Verweigerung wirtschaftlicher und sozialer Möglichkeiten rebelliert hatten. Seine Arbeit war grundlegend für Der Neger in Chicago: Eine Studie über Rassenbeziehungen und einen Rassenaufstand (1922), veröffentlicht von der University of Chicago Press. Es galt als klassisches Modell für umfassende Kommissionsberichte.In den 1920er Jahren zog Johnson nach New York City, wo er Forschungsdirektor der National Urban League wurde. Er war ein „Unternehmer der Harlem Renaissance“, der kreativen Bewegung afroamerikanischer Schriftsteller und Künstler dieser Zeit. Er gab zwei Zeitschriften heraus, in denen viele Schriftsteller dieser Zeit veröffentlicht wurden, und etablierte Preise bei der National Urban League, um junge Schriftsteller anzuerkennen. In Harlem argumentierte er für schwarze Künstler, die sagten, dass sie ihre eigenen Erfahrungen als Grundlage für ihre Kreativität nutzen müssten, und lehnte europäische Standards ab. Sein Ziel war es, das Selbstbild und den Charakter der Neger zu verbessern, und er hatte das Gefühl, dass sie dies durch Schreiben erreichen könnten.
Rückkehr in den Südenbearbeiten
Johnson sehnte sich danach, in den Süden zurückzukehren, nicht nur um Rassenbeziehungen zu studieren, sondern um sie zu verändern. Im Jahr 1926 zog er nach Nashville und übernahm eine Position als Vorsitzender der Abteilung für Soziologie an der Fisk University, einem historisch schwarzen College. Dort schrieb oder leitete er zahlreiche Studien darüber, wie kombinierte rechtliche, wirtschaftliche und soziale Faktoren eine unterdrückende Rassenstruktur hervorbrachten. Zwei seiner Werke sind zu Klassikern geworden: Schatten der Plantage (1934) und Aufwachsen im Schwarzen Gürtel (1940).1929 berichtete ein amerikanischer Missionar in Liberia, dass liberianische Beamte Soldaten einsetzten, um Stammesangehörige zu sammeln, die als Zwangsarbeiter auf die Insel Fernando Po verschifft wurden.Die liberianische Regierung wies die Vorwürfe zurück und lud eine Untersuchungskommission des Völkerbundes ein.Cuthbert Christy aus Großbritannien leitete die Kommission.Johnson war der Vertreter der Vereinigten Staaten. Der ehemalige Präsident von Liberia Arthur Barclay vertrat sein Land. Die Kommission nahm ihre Arbeit am 8. April 1930 auf. Das Ergebnis der Untersuchungen war ein ausgesprochener Bericht im September vorgelegt 1930.It gefunden, dass die Arbeiter „unter der Bedingung des kriminellen Zwangs kaum unterscheidbar von Sklavenraub und Sklavenhandel rekrutiert worden waren.“Als Ergebnis des Christy-Berichts sind Präsident Charles D. B. King und Vizepräsident Allen N. Yancy beide zurückgetreten.1930 erhielt Johnson den Harmon Prize for Science für seine Arbeit The Negro in American Civilization.1946 wurde Johnson zum ersten schwarzen Präsidenten der Fisk University ernannt. Er zog herausragende Fakultät, darunter der Autor Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas und others.In 1946 war Johnson einer von 20 amerikanischen Pädagogen, die ausgewählt wurden, um bei der Bildungsreform im besetzten Japan zu beraten. Er war auch Berater für mehrere Konferenzen des Weißen Hauses zum Thema Jugend in der amerikanischen Gesellschaft und Mitglied des First Board of Foreign Scholarships für das Fulbright-Programm.Johnson lebte, um die wegweisende Entscheidung des Obersten Gerichtshofs Brown v. Board of Education (1954) zu feiern, die entschied, dass die Rassentrennung in den öffentlichen Schulen verfassungswidrig sei. Er spielte eine Schlüsselrolle bei den Bemühungen, die Entscheidung angesichts des „massiven Widerstands“ im Süden umzusetzen. Seine Arbeit und die seiner Kollegen trugen auch zur Verabschiedung der Bürgerrechtsgesetzgebung des Bundes Mitte der 1960er Jahre bei.
Er war Mitglied der Alpha Phi Alpha Bruderschaft. Er war auch Gründungsmitglied des Zeta Rho-Kapitels der Phi Mu Alpha Sinfonia Music Fraternity, das 1953 in Fisk gechartert wurde.Johnson starb 1956 unerwartet. Er war mit dem Zug von Nashville nach New York unterwegs, als er an einer Haltestelle in Louisville, Kentucky, einen Herzinfarkt auf dem Bahnsteig hatte. Er war 63 Jahre alt.
