Chauncy wurde in die elitäre puritanische Kaufmannsklasse hineingeboren, die Boston, Massachusetts, regierte. Sein Urgroßvater Charles Chauncy, nach dem er benannt wurde, war der zweite Präsident des Harvard College. Sein Vater war ein erfolgreicher Bostoner Kaufmann. Chauncy wurde an der Boston Latin School und in Harvard ausgebildet, wo er sowohl seinen Bachelor-Abschluss als auch seinen Master in Theologie erhielt. 1727 wurde Chauncy zum stellvertretenden Pfarrer der Ersten Kirche von Boston ordiniert, der ältesten Gemeindekirche der Stadt und einer der wichtigsten in Neuengland. 1762 wurde Chauncy Pastor der First Church. Er diente der Gemeinde 60 Jahre lang bis zu seinem Tod.Chauncy war ein Gegner des Ersten Großen Erwachens, das die Gemeinden zwischen den Fraktionen des Alten Lichts und des Neuen Lichts spaltete. Als Führer der Alten Lichter sprach sich Chauncy gegen religiöse Begeisterung aus, die von Erweckungspredigern geweckt wurde. Chauncy war auch ein Führer der Opposition gegen die Ernennung eines anglikanischen Bischofs für die amerikanischen Kolonien. Während der amerikanischen Revolution unterstützte er die patriotische Sache durch Predigten und Broschüren. Laut den Religionswissenschaftlern Norman und Lee Gibbs verdient Chauncy den Titel „Theologe der amerikanischen Revolution“.Chauncy war Gründungsmitglied der American Academy of Arts and Sciences (1780) und erhielt den Ehrendoktortitel der Universität Edinburgh. Er wurde von der Massachusetts Historical Society (als sein Porträt dort aufgehängt wurde) als „herausragend für seine Talente, sein Lernen und seinen Liebhaber der bürgerlichen und religiösen Freiheit“ anerkannt.“