Chalkozit wird manchmal als primäres Erzgangmineral in hydrothermalen Erzgängen gefunden. Das meiste Chalkozit tritt jedoch in der mit Supergenen angereicherten Umgebung unterhalb der Oxidationszone von Kupfervorkommen auf, da Kupfer aus den oxidierten Mineralien ausgelaugt wird. Es wird auch oft in Sedimentgesteinen gefunden.
Es wird seit Jahrhunderten abgebaut und ist eines der profitabelsten Kupfererze. Die Gründe dafür sind sein hoher Kupfergehalt (66,6% Atomverhältnis und fast 80 Gew.-%) und die Leichtigkeit, mit der Kupfer von Schwefel getrennt werden kann.
Da Chalkozitkristalle ein sekundäres Mineral sind, das sich aus der Alteration von von anderen Mineralien ist es bekannt, Pseudomorphosen vieler verschiedener Mineralien zu bilden. Ein Pseudomorph ist ein Mineral, das ein anderes Mineral Atom für Atom ersetzt hat, aber die Kristallform des ursprünglichen Minerals intakt lässt. Es ist bekannt, dass Chalkozit Pseudomorphosen der Mineralien Bornit, Covellit, Chalkopyrit, Pyrit, Enargit, Millerit, Bleiglanz und Sphalerit bildet.
