Description¶

Der charmm-Winkelstil verwendet das Potential

mit einem zusätzlichen Urey_Bradley-Term, der auf dem Abstand \(r\) zwischen dem ersten und dritten Atom im Winkel basiert. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) und \(R_{ub}\) sind Koeffizienten, die für jeden Winkeltyp definiert sind.

Siehe (MacKerell) für eine Beschreibung des CHARMM-Kraftfelds.

Die folgenden Koeffizienten müssen für jeden Winkeltyp über den Befehl angle_coeff wie im obigen Beispiel oder in der Datendatei oder den von den Befehlen read_data oder read_restart gelesenen Dateien restart definiert werden:

• \(K\) (energy)

• \(\theta_0\)(degrees)

• \(K_{ub}\ ) (energie / Entfernung^2)

• \(r_{ub}\) (Entfernung)

\(\theta_0\) wird in Grad angegeben, aber LAMMPS wandelt es intern in toradian um; Daher ist \(K\) effektiv Energie perradian^2.

Stile mit einem GPU-, Intel-, kk-, omp- oder opt-Suffix sind funktionell identisch mit dem entsprechenden Stil ohne Suffix.Sie wurden optimiert, um je nach verfügbarer Hardware schneller zu laufen, wie auf der Dokumentseite Speed Packages beschrieben. Die beschleunigten Stile verwenden dieselben Argumente und sollten dieselben Ergebnisse liefern, mit Ausnahme von Rundungs- und Präzisionsproblemen.

Diese beschleunigten Stile sind Teil der Pakete GPU, USER-INTEL, KOKKOS,USER-OMP und OPT. Sie sind nur aktiviert, wenn Flammps mit diesen Paketen erstellt wurde. Weitere Informationen finden Sie auf der Seite Build Package doc.

Sie können die Eingabestile explizit in Ihrem Eingabeskript angeben, indem Sie deren Suffix einschließen, oder Sie können den Befehlszeilenschalter -suffix verwenden, wenn Sie LAMMPS aufrufen, oder Sie können den Befehl -suffix in Ihrem Eingabeskript verwenden.

Weitere Anweisungen zur effektiven Verwendung der beschleunigten Stile finden Sie auf der Speed Packages-Dokumentseite.