de fysiske og kemiske barrierer, der forhindrer patogener i at komme ind i vores kropsvæv i første omgang, overses ofte. Som Figur 1 viser, er den mest omfattende barriere det vandtætte lag af hud, der dækker kroppens overflade. Menneskelig hud holder de fleste patogener ude, så længe den forbliver intakt. Den hastighed, hvormed et snit eller græs kan blive inficeret, er en påmindelse om den beskyttelse, vi normalt får fra vores hud.
vektorbårne infektioner (f.eks. malaria) overføres ved at bide hvirvelløse dyr (f. eks. myg), der trænger ind i huden, når de tager et blodmåltid. Mennesker er også sårbare over for invasion af patogener i luften, mad, vand og jord eller under fysisk kontakt med inficerede mennesker, nogle dyr (f. eks. svin, hunde, fjerkræ) eller deres fæces. Som Figur 1 illustrerer, er den indre overflade af åndedrætssystemet (næse, hals, luftveje og lunger), mave, tarm, blære og reproduktive kanaler foret med membraner, der udskiller jelly-lignende slim, der præsenterer en barriere mod patogener, der kommer ind i vores væv via disse ruter. Mikroskopiske hår kaldet cilia linje åndedrætssystemet og’ beat ‘ i kor for at shunt slim indeholdende fangede patogener mod næse og mund, hvor de kan udvises ved hoste og nysen eller sluges i maven, hvor syre ødelægger dem.
Figur 1 henviser til konkurrence fra kommensale bakterier (undertiden benævnt ‘venlige bakterier’) i tarmen og reproduktionssystemet. Commensal bakterier er ikke-patogene indbyggere i tarmen og reproduktionssystemet. De optager plads, der ellers kunne koloniseres af patogene arter, og de bruger næringsstoffer til deres egen vækst og derved reducerer de ressourcer, der er tilgængelige for patogener til at formere sig og forårsage sygdom.kemiske barrierer mod infektion omfatter tårer, spyt og slim, der nedbryder overfladen af bakterier. Syren i sved og i maven dræber cellulære patogener, og der er antibakterielle proteiner i sæd (væsken, der indeholder mandlig sæd).
de mere komplekse mekanismer i immunsystemet er kun nødvendige, hvis patogener bryder disse fysiske og kemiske barrierer.
