under borgerkrigen deltog Vaties tropper i syvogtyve store engagementer og adskillige mindre træfninger. Selvom nogle af engagementerne var kampe, brugte de fleste af deres aktiviteter gerillataktik. Hans mænd lancerede angreb fra syd for den canadiske flod i hele det nordlige indiske territorium og ind i Kansas og Missouri, binde tusinder af Unionstropper ned. Dårligt udstyret og bevæbnet for det meste med castoff rifler eller fangede våben, Cherokees var velegnede til denne type krigsførelse. Han blev forfremmet til brigadegeneral i maj 1864.de mest spektakulære sejre omfattede erobringen af en føderal dampbåd, J. R. Vilhelms, i Juni 1864, og erobringen af en union vogntog ved Andet slag ved Cabin Creek i September 1864. Hans tre mest berygtede handlinger var afbrænding af Rose Cottage, hjemsted for Chief John Rossog Cherokee Council House i oktober 1863 og massakren på det første Kansas farvede infanteri og 2.Regiment Kansas frivillige kavaleri ved Hay Camp Action (aka Slaget ved Flat Rock) i September 1864.i februar 1865 fik han kommandoen over den indiske division af indisk territorium, men var ude af stand til at starte nogen offensive operationer. Han frigav de fleste af sine tropper efter sammenbruddet af konfødereret modstand i foråret 1865. Efter at have deltaget i Camp Napoleon-Rådet i Maj overgav han sig officielt den 23. juni 1865 og blev den sidste konfødererede general, der lagde armene ned. Regimentet blev opløst.

Slaget ved Pea RidgeEdit

denne kamp var den 6. – 8. marts 1862 i Benton County, Arkansas, med en Unionssejr.

Slaget ved Det Gamle Fort Vejrediger

denne kamp var den 22.oktober 1862 i Fort vejne, indisk territorium, med en Unionssejr.

Slaget ved Cabin CreekEdit

denne kamp var den 1.-2. juli 1863 i Mayes County, Oklahoma, med en Unionssejr.