Během Občanské Války, Watie jednotky zúčastnilo dvacet sedm hlavních činností a četné menší potyčky. Ačkoli některé ze střetnutí byly souboje, většina jejich aktivit využívala partyzánskou taktiku. Watieho muži zahájili nálety z jihu kanadské řeky po celém severoindickém území a do Kansasu a Missouri, vázání tisíců vojáků Unie. Špatně vybavené a vyzbrojené převážně s cákance pušky nebo sebraných zbraní, Čerokézové byli dobře hodí na tento typ války. V květnu 1864 byl Watie povýšen na brigádního generála.

Watie je nejvíce velkolepé vítězství zahrnuty zachycení Federální parník, J. R. Williams, v. června 1864, a zachytit Unie vůz vlaku v Druhé Bitvě u Cabin Creek v září 1864. Jeho tři nejznámější akcí bylo pálení Rose Cottage, domov Náčelník John Ross, a Cherokee Rady Dům v říjnu 1863, a masakr První Kansas Barevné Pěchota a 2. Pluku Kansas Dobrovolník Jízda na Seno, Tábor Akce (.k.a. Bitva o Plochý Kámen), v září 1864.

V únoru 1865 dostal Watie velení nad indickou divizí indického území, ale nebyl schopen zahájit žádné ofenzivní operace. Většinu svých vojsk propustil po pádu Konfederačního odboje na jaře 1865. Po účasti v Táboře Napoleon Council v květnu se Stand Watie oficiálně vzdal 23. Června 1865 a stal se posledním generálem konfederace, který složil zbraně. Pluk byl rozpuštěn.

Bitva Hrachu RidgeEdit

Tato bitva byla na 6-8 Března, 1862 v Benton County, Arkansas, vítězství Unie.

Bitva u Staré pevnosti WayneEdit

tato bitva byla 22. Října 1862 ve Fort Wayne na indickém území s vítězstvím Unie.

Bitva u Cabin CreekEdit

tato bitva se odehrála 1. -2. července 1863 v Mayes County v Oklahomě s vítězstvím Unie.