med slaget vid Trafalgar och kollapsen av franska förhoppningar om invasion tog Cotton kommandot över flera fartyg stationerade utanför Tagus i Portugal. Efter den franska invasionen av Iberia stödde Cotton nära Det portugisiska försvaret och därefter militären under Sir Arthur Wellesley som kämpade vid Slaget vid Vimeiro. Admiral Cotton, nyligen befordrad, motsatte sig Sintras konvention som avslutade kampanjen och vägrade att erkänna bestämmelsen som tillät den blockerade ryska skvadronen i Lissabon säker passage tillbaka till Ryssland. Genom att upprätthålla blockaden över invändningarna från både allierade och fiender tvingade Cotton så småningom den ryska amiralen att gå med på en revidering av fördraget där hans fartyg förblev lagligt ryska men skulle hållas i en avväpnad stat i en brittisk hamn under Anglo-ryska fientligheter.
1808 stannade Bomull utanför Portugal och arrangerade Lissabon som den främsta hamnen för den brittiska invasionen av Iberia senare på året. Han planerade och genomförde också sjöutvinningen av de 30 000 männen från Sir John Moores arm som fångats i Galicien. Bomulls planer gjorde det möjligt för en flotta att transportera för att ta bort den stora majoriteten av militären efter att de hade besegrat nära fransk strävan vid Slaget vid Corunna. I slutet av året återkallades Bomull till Storbritannien.
1810 valdes Bomull som Lord Collingwoods ersättare som befälhavare för Medelhavsflottan efter Collingwoods plötsliga död. Detta var det näst högsta sjöbefälet i marinen, och bomull fortsatte den nära blockaden av den franska flottan i Toulon och utvidgade verksamheten från havet mot franska trupper som opererade i södra Spanien. I mitten av 1811 återkallades Cotton till Storbritannien och tog kommandot över Kanalflottan från Lord Gambier vid den senare pensionen. Bomull var i posten bara fem månader när han den 23 februari 1812 kollapsade och dog av apoplexi i Plymouth efter att ha inspekterat flottan i dess vinterplatser.
Bomull överlevde av sin fru och deras fyra barn. Lady Cotton föddes Philadelphia Rowley (f ca 1763 d 1855), dotter till amiral Sir Joshua Rowley 1st Bt, och barnbarn till amiral av flottan Sir William Rowley. Rowleys var redan en framstående marindynasti, med tre baronetcies som enskilda familjemedlemmar fick. Cotton gifte sig med Philadelphia Rowley 1798. Av deras fyra barn blev den äldste sonen Sir St Vincent Cotton, 6: e Baronet (1801-1863) vid 10 års ålder. (Han gifte sig bara strax före sin död 1863, och baronetcy utrotades med hans död i januari 1863). Hans dotter Marie Susanna Rowley senare Lady King (d.1871) var den andra fruen till Vice Admiral Sir Richard King, 2nd Bt, från och med 1822, och hade flera barn av honom.
Bomull begravdes vid Landwade church I Cambridgeshire med sin familj som höjde ett minnesmärke över honom i Madingley. Hans minnesmärke av den monumentala mason Flaxman uppfördes i Cambridgeshire parish church.
