parallell Prefetching för Canonical Ensemble Monte Carlo Simulations

för att möjliggöra storskaliga molekylära simuleringar måste algoritmer effektivt utnyttja flerkärniga processorer som fortsätter att öka i totalt kärnantal över tiden med relativt stillastående klockhastigheter. Även om parallelliserad molekyldynamik (MD)-programvara har utnyttjat denna trend i datormaskinvara, är enstaka partikelstörningar med Monte Carlo (MC) svårare att parallellisera än systemövergripande uppdateringar i MD med domännedbrytning. Istället rekonstruerar prefetching den seriella Markov-kedjan efter att ha beräknat flera MC-försök parallellt. Canonical ensemble MC simuleringar av en Lennard-Jones vätska med prefetching resulterade i upp till en faktor på 1,7 speedup med 2 trådar och en faktor på 3 speedup med 4 trådar. Strategier för att maximera effektiviteten av prefetching simuleringar diskuteras, inklusive den potentiellt kontraintuitiva fördelen med minskade acceptanssannolikheter. Bestämning av den optimala acceptanssannolikheten för en parallell simulering förenklas genom teoretisk förutsägelse från seriell simuleringsdata. Slutligen gjordes fullständig öppen källkod för parallella prefetch-simuleringar tillgängliga i Free Energy and Advance Sampling Simulation Toolkit (FEASST).

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras.