jag analyserar några Diels-Alder och Povarov-reaktioner genom QM-beräkningar (DFT, gjort på Jaguar av Schrodinger). Jag försöker överväga alla möjliga produkter för att samla in mer data i förväg mot bakgrund av en eventuell asymmetrisk variation, så för varje reaktion har jag 4 TS (var och en med endast en negativ frekvens som involverar rätt atomer och bekräftas av IRC):
-
endo + re-sidan av dienofilen
-
endo + si-sidan av dienofilen
-
exo + re-sidan av dienofilen
-
exo + si-sidan av dienofilen
Jag kommer att använda sina energier med hjälp av Eyring-ekvationen för att förhoppningsvis bestämma en isomerisk preferens.
Jag är ensam på denna sida av projektet, eftersom beräkningspi jag är i kontakt med huvudsakligen hanterar läkemedelsupptäckt och medchem-projekt, är han inte expert på QM-beräkningar, så i praktiken är jag självlärd. Jag skulle vilja diskutera några saker med er alla:
-
är mitt tillvägagångssätt alls korrekt?
-
Finns det några ändringar jag kan göra?
nu för den verkliga frågan.
Jag försöker reproducera de erhållna experimentella resultaten. Men jag får konsekvent lägre TS-energier från exo-TSs, medan båda endo-TSs har något högre energi, medan det borde vara tvärtom, eftersom så vitt jag vet bör endo TS vara den lägsta i energi men leda till den termodinamiskt mindre stabila produkten. Jag letar efter ett endo/exo-förhållande som sträcker sig från 3:1 till 7:1. Är skillnaden för liten för att upptäcka beräkningsmässigt?. Jag har provat några kombinationer av DFT-funktionaler, basuppsättningar och beräkningsförhållanden, eftersom reaktionen görs i toluen vid -30 2×4 C (4x2x4 = 32):
